Chủ tịch Vạn Thịnh Phát cũng thuê nhờ hàng trăm cá nhân đứng tên đại diện pháp luật các công ty, được chia làm 4 nhóm chính có quan hệ chặt chẽ với nhau.
Nhóm định chế tài chính tại Việt Nam, gồm Ngân hàng SCB, Công ty Chứng khoán Tân Việt, Công ty CP Đầu tư Tài chính Việt Vĩnh Phú. Trong đó Ngân hàng SCB có vai trò đặc biệt quan trọng, được sử dụng như một công cụ tài chính để cấp vốn cho các công ty trong hệ sinh thái Vạn Thịnh Phát.
Nhóm khác là các công ty có hoạt động kinh doanh tại Việt Nam, phần lớn hoạt động trong lĩnh vực kinh doanh bất động sản, nhà hàng, khách sạn... Đây đều là các công ty có vốn điều lệ lớn, nắm cổ phần chi phối các công ty con, công ty thành viên như Công ty CP Tập đoàn Sài Gòn Peninsula với vốn điều lệ 18.000 tỷ đồng, Công ty CP Tập đoàn Đầu tư An Đông với vốn điều lệ 9.000 tỷ đồng...
Một số công ty trong hệ sinh thái Vạn Thịnh Phát, có hoạt động kinh doanh, tạo doanh thu, gồm Công ty CP Tập đoàn Quản lý Bất động sản Windsor, Công ty CP Tập đoàn Đầu tư An Đông, Công ty CP Đầu tư Times Square Việt Nam,Công ty CP Xuất nhập khẩu Hàng tiểu thủ Công nghiệp Sài Gòn.
Ngoài ra còn các công ty, như Công ty TNHH MTV Khách sạn Quốc tế Thiên Phúc, Công ty TNHH Vinametric, Công ty CP Bông Sen, Công ty TNHH Quản lý Sài Gòn Artisans, Công ty TNHH Sài Gòn Atelier, Công ty TNHH Coco & May,Công ty CP Dấu Ấn V, Công ty CP Dấu Ấn Việt Nam, Công ty CP Eurasia Concept, Công ty CP Tư vấn Đầu tư Quốc tế Promana, Công ty TNHH The Recipe, Công ty CP The Signature, Công ty Lavifood...
Đặc biệt, cáo trạng xác định, trong hệ sinh thái Vạn Thịnh Phát còn có hàng nghìn công ty không hoạt động sản xuất kinh doanh (công ty “ma”) được bà Trương Mỹ Lan thành lập để phục vụ đứng tên các khoản vay khống, chuyển nhượng cổ phần và lấy pháp nhân góp vốn đầu tư vào các dự án.
Ngoài ra, bà Trương Mỹ Lan còn xây dựng mạng lưới nhiều công ty vỏ bọc tại các vùng lãnh thổ, quốc gia, kinh doanh tại nước ngoài hoặc sử dụng danh nghĩa “nhà đầu tư nước ngoài” để đứng tên cổ phần và quản lý nguồn vốn, tài sản của gia đình bà này tại nước ngoài.