Đại tá Nguyễn Đăng Nam bị kỷ luật do vi phạm nguyên tắc tổ chức và hoạt động của Đảng, vi phạm thẩm quyền, nguyên tắc, quy trình công tác tổ chức cán bộ; thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, quản lý, vi phạm quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước, của ngành công an trong công tác đấu tranh phòng chống tội phạm; thiếu kiểm tra, giám sát để xảy ra nhiều vi phạm pháp luật.
Những vi phạm của Đại tá Nguyễn Đăng Nam rất nghiêm trọng; để một số cán bộ, đảng viên bị kỷ luật, đình chỉ công tác, gây dư luận bức xúc trong xã hội, làm ảnh hưởng xấu đến uy tín của Đảng, của ngành công an.
Vì thế, Ban Thường vụ Đảng ủy Công an TPHCM quyết định thi hành kỷ luật với Đại tá Nguyễn Đăng Nam, nguyên Bí thư Đảng ủy, nguyên Trưởng Phòng PC02, bằng hình thức cách chức tất cả các chức vụ trong Đảng nhiệm kỳ 2015-2020 và nhiệm kỳ 2020-2025.