Theo cáo trạng, khi dịch COVID-19 bùng phát và diễn biến phức tạp, Chính phủ đã chỉ đạo tổ chức các chuyến bay đưa công dân Việt Nam từ nước ngoài về nước để phòng chống dịch. Văn phòng Chính phủ, tổ công tác của một số bộ, ngành (ngoại giao, y tế, công an, giao thông vận tải, quốc phòng) và địa phương thực hiện quy trình cấp phép chuyến bay và cho chủ trương cách ly.
Thời điểm đó, Bộ Y tế phân công một thứ trưởng làm nhiệm vụ xem xét, duyệt ký văn bản trả lời Bộ Ngoại giao, Văn phòng Chính phủ và các cơ quan chức năng khi những nơi này xin ý kiến về chuyến bay giải cứu, chuyến bay combo và xin cho khách lẻ được về nước. Các cơ quan chức năng thông qua Phạm Trung Kiên để trình thứ trưởng Bộ Y tế xem xét, ký duyệt văn bản trả lời.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, thư ký Kiên đã yêu cầu đại diện các doanh nghiệp, cá nhân chi tiền từ 50 triệu đến 200 triệu đồng một chuyến bay. Đối với chuyến bay combo, thư ký Kiên ra giá với doanh nghiệp phải "chung chi" từ 500.000 đồng đến triệu đồng một khách. Đối với khách lẻ, Kiên ra giá từ 7-15 triệu đồng/khách.
Chỉ trong 8 tháng của năm 2021, Phạm Trung Kiên đã có đến 253 lần nhận tiền của 18 cá nhân đại diện doanh nghiệp và một số khách lẻ. Ngoài ra, Kiên còn cùng với Vũ Anh Tuấn, cựu cán bộ Cục Quản lý xuất nhập cảnh - Bộ Công an, yêu cầu, gợi ý các doanh nghiệp liên hệ, chi tiền cho Kiên để được Bộ Y tế chấp thuận chuyến bay cũng như kịp trả lời các văn bản liên quan "chuyến bay giải cứu". Trong đó, bị cáo này nhiều lần nhận ở trụ sở Bộ Y tế hoặc yêu cầu lãnh đạo các doanh nghiệp chuyển vào tài khoản ngân hàng của bà Nguyễn Bích Ngọc (mẹ vợ Kiên).
Tại phiên toà ngày 11-7, bị cáo Đào Minh Dương, giám đốc Công ty Vijasun, khẳng định nếu không đưa tiền "bôi trơn" thì sẽ bị gây khó khăn trong xin cấp phép chuyến bay giải cứu. Thời gian đầu nộp hồ sơ cấp phép tại Cục Lãnh sự Bộ Ngoại giao, nhiều lần cục trưởng khi đó là bị cáo Nguyễn Thị Hương Lan yêu cầu phải chi tiền. Do không đưa tiền nên doanh nghiệp của bị cáo này thường xuyên bị gây khó.
Về lý do đưa tiền hối lộ, bị cáo Đào Minh Dương cho biết bị cáo đã bị Vũ Anh Tuấn và Phạm Trung Kiên ép phải đưa tiền. "Khi gặp ở Bộ Y tế, Kiên quát, bảo các anh làm ăn phải nộp mỗi người mấy triệu. Kiên nói tôi biết các anh đưa tiền cho anh Tuấn thì cũng phải đưa cho tôi 150 triệu một chuyến" - bị cáo Dương khai.
Theo Dương, khi bị cáo gặp bị cáo Vũ Anh Tuấn thì nói: "Em không cần tiền của các anh nhưng các anh không đưa để em đưa sếp thì chuyến bay không được duyệt". Qua đó, Tuấn cũng đòi 150 triệu đồng/chuyến bay.
Sau đó, bị cáo bị yêu cầu đưa 3 tỉ đồng cho bị cáo Phạm Trung Kiên, Vũ Anh Tuấn để được cấp phép 17 chuyến bay. Tuy nhiên, trên thực tế, Dương mới chỉ đưa Kiên 1,1 tỉ đồng còn Tuấn 1,6 tỉ đồng.