Ông Cơ đã thống nhất việc sử dụng tài sản quyền sử dụng đất và tài sản hình thành trong tương lai để đảm bảo cho các khoản vay đứng tên của các cá nhân và tổ chức do bà Lan chỉ định. Năm 2009-2012, ông Cơ ký các biên bản họp và nghị quyết chấp thuận thế chấp, bảo lãnh cho các khoản vay do bà Lan chỉ đạo tại SCB.
Kết luận điều tra cho rằng, hành vi của ông Cơ đã gây thiệt hại hơn 39.000 tỷ đồng cho Ngân hàng SCB , bao gồm cả tiền gốc và lãi. Ông Cơ đã ký các thủ tục bảo lãnh khoản vay theo chỉ đạo của bà Lan mà không có quan hệ với các cá nhân đứng tên vay vốn, chỉ thực hiện thủ tục khống.
Các cá nhân đứng tên hộ các khoản vay được xác định là lao động tự do hoặc nhân viên của Tập đoàn Vạn Thịnh Phát, có người nhà, người quen làm việc tại SCB nhờ đứng tên khoản vay. Họ được trả tiền công 15-40 triệu đồng/năm để đứng tên khống các khoản vay.
Tổng nghĩa vụ các khoản nợ do ông Cơ ký hợp thức thủ tục là hơn 39.000 tỷ đồng. Sau khi trừ đi giá trị tài sản đảm bảo được định giá bởi bên thứ 3 và được SCB chấp nhận, thiệt hại liên đới còn lại là hơn 9.100 tỷ đồng.
Trong quá trình điều tra, ông Cơ đã nhận thức rõ hành vi phạm tội và đã tự nguyện nộp lại 1 tỷ đồng vào ngày 5/10/2023 để khắc phục một phần hậu quả của vụ án.
Ngoài hành vi trên, vợ chồng Chu Lập Cơ, Trương Mỹ Lan còn bị khởi tố để điều tra về tội "Rửa tiền", tuy nhiên hành vi này được cơ quan điều tra tách hồ sơ, xử lý ở giai đoạn sau vụ án.