Tháng 5/2013, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai - Doãn Văn Hưởng ký Văn bản số 1717 về việc thực hiện các biện pháp quản lý khoáng sản trong khu vực thi công dự án nhà hàng, khách sạn.
Tại Quyết định 1717, UBND tỉnh Lào Cai đồng ý với một phần tham mưu của Sở TN&MT, nếu có phát hiện quặng, kể cả quặng nghèo, giao cho Công ty Lilama thu gom, thỏa thuận, thống nhất với Công ty Apatit Việt Nam để tập kết, quản lý sử dụng theo quy định mà không đề cập đến việc “trong trường hợp phát hiện thân khoáng có giá trị công nghiệp thì phải báo cáo UBND tỉnh để chỉ đạo tổ chức khảo sát, đánh giá và xin ý kiến của cơ quan có thẩm quyền giải quyết theo quy định của Luật Khoáng sản” như tham mưu của Sở TN&MT trước đó.
Liên quan đến văn bản 2160 và văn bản 1717 của UBND tỉnh Lào Cai ban hành, cơ quan điều tra đã tiến hành trưng cầu giám định tư pháp, kết quả xác định hai văn bản này không phải giấy phép khai thác khoáng sản, giấy phép tận thu.
"Bị can Nguyễn Mạnh Thừa đã lợi dụng vào việc Công ty Lilama được UBND tỉnh Lào Cai cấp Giấy chứng nhận đầu tư dự án khách sạn, nhà hàng và sử dụng các trên của UBND tỉnh Lào Cai ban hành chưa đúng quy định của pháp luật để chỉ đạo khai thác trái phép trong phạm vi diện tích 5,99ha (trong đó có 3,77ha là diện tích được cấp chứng nhận đầu tư dự án) thuộc khai trường 18 được tổng số hơn 1,5 triệu tấn..." - cáo trạng của Viện KSND tỉnh Lào Cai.
Ngoài ra, Công ty Lilama đã lợi dụng sự cho phép này để tiếp tục khai thác quặng trái phép. Công ty Lilama cũng đã ký hợp đồng với Công ty Apatit Việt Nam để bán số lượng quặng khai thác trái phép và thu lời bất chính hàng trăm tỷ đồng.
Kết quả điều tra cho thấy, các bị can đã khai thác trái phép hơn 1,5 triệu tấn quặng apatit có giá trị được xác định là hơn 610 tỷ đồng. Trong đó, Nguyễn Mạnh Thừa đã thu lời bất chính hơn 177 tỷ đồng và Công ty Apatit Việt Nam đã thu lời bất chính hơn 184 tỷ đồng.
Hiện nay, Công ty Apatit Việt Nam đã tự nguyện nộp toàn bộ số tiền 184 tỷ đồng để khắc phục hậu quả. Bị can Thừa và gia đình cũng đã nộp hơn 3 tỷ đồng vào tài khoản tạm giữ; đồng thời cơ quan điều tra phong tỏa nhiều tài sản là nhà, đất, ôtô của bị can này và Công ty Lilama.
"Hành vi của Nguyễn Mạnh Thừa và các đồng phạm là nghiêm trọng và rất nghiêm trọng, cần phải xử lý nghiêm minh trước pháp luật, đồng thời áp dụng các biện pháp theo quy định pháp luật để thu hồi tối đa tài sản cho Nhà nước" - kết luận điều tra nêu.
Cơ quan tố tụng xác định trong vụ án này có sai phạm của nhiều cá nhân là nguyên lãnh đạo, cán bộ thuộc UBND tỉnh Lào Cai trong việc tạo điều kiện cho Công ty Lilama khai thác quặng trái phép.
Cùng với việc điều tra hành vi phạm tội của một số cựu quan chức nêu trên, cơ quan tố tụng cũng đang làm rõ lời khai của Giám đốc Công ty Lilama về việc đưa tiền cho một số cán bộ.