Sau khi nhận được tiền từ các công ty Thuduc House, Sài Gòn Tây Nam và Hoàng Nam Anh, ông Trịnh Tiến Dũng đã chỉ đạo chuyển tiền lòng vòng vào các tài khoản của tổ chức, cá nhân, rút toàn bộ 538 tỷ đồng tiền thuế giá trị gia tăng để chiếm đoạt.
Theo cáo trạng, Cựu Phó Cục trưởng Cục thuế TPHCM Nguyễn Thị Bích Hạnh thừa nhận đã thiếu sót không thực hiện đúng các quy định, quy trình thủ tục giải quyết hồ sơ hoàn thuế. Lời khai của bà Hạnh phù hợp với các tài liệu, chứng cứ thu giữ và lời khai của các bị cáo khác.
Bị cáo Nguyễn Thị Bích Hạnh (cựu Phó Cục trưởng Cục thuế TPHCM) đã trực tiếp ký duyệt đề xuất hoàn thuế, quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng và 15 lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách cho Thuduc House, gây thất thoát số tiền 331 tỷ đồng.
Ngoài ra, 3 bị cáo là Đào Thị Nga (cựu cán bộ Chi cục thuế quận 1), Nguyễn Phương Nam (cựu cán bộ Chi cục thuế quận 3) và Ngô Huỳnh Lũy (cựu cán bộ Chi cục thuế quận 5) đã nhận hối lộ trên 7,3 tỷ đồng.
Vụ án còn có 7 cán bộ hải quan Cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực I (thuộc Hải quan TPHCM), đã không thực hiện đúng nhiệm vụ được giao, cập nhật thông tin lên hệ thống để thông quan cho các lô hàng và không phát hiện được hành vi buôn lậu của Trịnh Tiến Dũng và đồng phạm.