Thực hiện ý kiến chỉ đạo của Chủ tịch UBND TP Hà Nội về việc đưa công nghệ mới hiện đại trong việc số hóa cơ sở dữ liệu doanh nghiệp, ngày 1/8/2016, đại diện Sở KH-ĐT Hà Nội và đại diện Công ty TNHH Giải pháp phần mềm Nhật Cường (viết tắt là Nhật Cường Software - là một công ty trong hệ thống Nhật Cường của Bùi Quang Huy) trao đổi, làm việc về thực hiện thí điểm số hóa hồ sơ đăng ký doanh nghiệp và giải pháp về đăng ký doanh nghiệp qua mạng.
Sau đó, ông Nguyễn Đức Chung đã đồng ý với Sở KH-ĐT Hà Nội cho Nhật Cường Software thí điểm công việc nói trên.
Sau một thời gian thực hiện, Nhật Cường Software đã có báo cáo kết quả thí điểm giai đoạn một. UBND TP Hà Nội giao cho Sở KH-ĐT Hà Nội thống nhất với Nhật Cường Software báo cáo bổ sung cho thành phố về kết quả thực hiện công việc số hóa giai đoạn một này. Tuy nhiên, do Nhật Cường Software thực hiện công việc thí điểm chưa đáp ứng yêu cầu nên Sở KH-ĐT Hà Nội vẫn tiến hành sửa hồ sơ mời thầu và thực hiện đấu thầu gói thầu số hóa năm 2016 theo quy định.
Sau khi thực hiện thí điểm, trong khoảng thời gian Sở KH-ĐT Hà Nội sửa đổi hồ sơ mời thầu, theo chỉ đạo của Bùi Quang Huy, Lê Duy Tuấn đã trực tiếp gặp Nguyễn Văn Tứ trao đổi, đề xuất ông Tứ tạo điều kiện giúp đỡ Công ty Nhật Cường tham gia, trúng gói thầu năm 2016. Ông Tứ ủng hộ và đã điện cho bà Phạm Thu Hường trực tiếp làm việc với ông Lê Duy Tuấn.
Sau đó, Tuấn cùng với Hường, Tuyến bàn bạc và thống nhất sửa đổi nội dung hồ sơ mời thầu gói thầu nói trên sao cho có lợi cho Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh.
Dùng "quân xanh", hợp đồng "khống" để tham gia đấu thầu
Màn kịch đã được dựng sẵn, sau khi Sở KH-ĐT Hà Nội phát hành hồ sơ mời thầu, Lê Duy Tuấn thống nhất với Bùi Quang Huy và báo cáo Võ Việt Hùng về việc nhờ hồ sơ pháp nhân của một số công ty làm "quân xanh" nộp hồ sơ dự thầu để đủ số lượng nhà thầu, bỏ giá thầu khi cần thiết nhằm tạo điều kiện cho Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh trúng gói thầu trên.
Chưa hết, theo chỉ đạo của Bùi Quang Huy, Lê Duy Tuấn phối còn hợp với các nhân viên của Công ty Nhật Cường lập "khống" hợp đồng cung cấp và triển khai phần mềm ERP ký giữa Công ty Nhật Cường (do Bùi Quang Huy ký) với Công ty TNHH Thương mại Minh Hoa (do bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa (vợ Nguyễn Đức Chung) ký) để đưa vào hồ sơ năng lực, tham gia đấu thầu.
Cuối cùng, Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh đã trúng gói thầu trên, trị giá gần 43 tỷ đồng.
Sau khi hợp đồng trên được ký, Bùi Quang Huy đã chuyển nhượng 100% công việc trong hợp đồng cho Công ty Đông Kinh thực hiện với giá là 29.084.000.000 đồng, số tiền còn lại Công ty Nhật Cường được hưởng mà không phải làm gì.
Trong vụ án này, VKSND Tối cao đã truy tố các bị can về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng", gồm: Nguyễn Văn Tứ - nguyên Giám đốc Sở KH-ĐT Hà Nội; Nguyễn Tiến Học - nguyên Phó Giám đốc Sở KH-ĐT Hà Nội; Phạm Thị Kim Tuyến - Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh Sở KH-ĐT Hà Nội; Phạm Thị Thu Hường - Chánh Văn phòng Sở KH-ĐT Hà Nội; Lê Duy Tuấn - Giám đốc kinh doanh Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh; Võ Việt Hùng - Giám đốc Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh.
Bị can Nguyễn Đức Chung - cựu Chủ tịch UBND TP Hà Nội - bị truy tố về tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ".