Từ tháng 6-2016 đến tháng 3-2018, ông Dũng đã không thông qua HĐQT Saigon Co.op mà tự ý chỉ đạo phòng tài chính, phòng kế toán của Saigon Co.op thực hiện các thủ tục chuyển 1.000 tỉ đồng trong 3.000 tỉ đồng của Saigon Co.op huy động vốn để thực hiện thương vụ Big C và mở rộng mạng lưới cho Công ty Đô Thị Mới và Công ty Đại Á để thực hiện việc hợp tác đầu tư.
Theo nội dung hợp tác đầu tư, ông Dũng ký với Võ Thành Trung (tổng giám đốc Công ty Đô Thị Mới) và Tôn Thất Hào (tổng giám đốc Công ty Đại Á) thì Saigon Co.op được nhận tỉ lệ lợi nhuận cố định trên tổng số tiền hợp tác là 7%/năm.
Đến tháng 3-2018, Hào và Trung lấy lý do hai công ty Đô Thị Mới và Đại Á dùng 1.000 tỉ đồng kinh doanh không hiệu quả, không thu lợi nhuận để đề nghị Saigon Co.op điều chỉnh giảm lợi nhuận.
Diệp Dũng đồng ý và ký thỏa thuận bổ sung, điều chỉnh tỉ lệ lợi nhuận từ 7%/năm thành 0%/năm kể từ ngày 19-8-2016. Việc tự điều chỉnh lợi nhuận cố định đã dẫn thiệt hại cho Saigon Co.op hơn 115,6 tỉ đồng.