Bị cáo Nguyễn Duy Linh biết rõ Phan Văn Anh Vũ đang trong quá trình bị Tổng cục V xem xét xử lý, biết rõ mục đích của Vũ muốn nhờ Linh giúp đỡ và Linh với vai trò Phó Tổng cục trưởng Tổng cục V có thể giúp đỡ được Vũ, nên Linh nói đã xem hồ sơ của Vũ, sau đó nhiều lần trao đổi và nhận tiền của Vũ. Khi biết thông tin Phan Văn Anh Vũ sắp bị khởi tố, bị cáo Linh đã báo tin cho Vũ bỏ trốn.
Vẫn theo cáo trạng, sau đó, Phan Văn Anh Vũ thay đổi lời khai, bị cáo Nguyễn Duy Linh không nhận tội. Tuy nhiên, cơ quan điều tra đã thu thập các tài liệu chứng cứ hoàn toàn khách quan, phù hợp diễn biến sự việc, phù hợp với động cơ, mục đích của người đưa hối lộ, người môi giới hối lộ và người nhận hối lộ, có đủ căn cứ khẳng định hành vi phạm tội của các bị cáo.
Lời khai ban đầu của Phan Văn Anh Vũ phù hợp với lời khai nhận tội của Hồ Hữu Hòa và lời khai của những người trung gian đưa tiền là Nguyễn Đăng Luân, Nguyễn Tuấn Anh và Hoàng Nam Trung về diễn biến việc chuyển túi quà trong đó có số tiền 5 tỷ đồng. Bị cáo Nguyễn Duy Linh thừa nhận đã nhận được túi quà này (nhưng chỉ thừa nhận đó là rượu và thuốc lá).
Lời khai của các bị cáo và người liên quan trong vụ án phù hợp với các tài liệu, chứng cứ khác được thu thập trong quá trình điều tra như dữ liệu các cuộc điện thoại, tin nhắn, định vị vị trí thuê bao, cột sóng, kết quả đối chất, nhận dạng, thực nghiệm điều tra...
Từ đó, cơ quan tố tụng có đủ căn cứ xác định, bị cáo Phan Văn Anh Vũ sau khi được Hồ Hữu Hòa gợi ý, môi giới đã chuyển 5 tỷ đồng cho Hồ Hữu Hòa để đưa cho Nguyễn Duy Linh để nhờ Linh giúp đỡ.
Sau khi nhận túi tiền, Hòa đã đưa túi tiền này cho Nguyễn Tuấn Anh, cán bộ cấp dưới của Nguyễn Duy Linh. Nguyễn Tuấn Anh đã chuyển cho Hoàng Nam Trung, trợ lý của Nguyễn Duy Linh, để chuyển đến phòng làm việc của Linh.
Kết quả điều tra xác định Nguyễn Duy Linh đã nhận được túi tiền này. Sau đó, bị cáo Nguyễn Duy Linh gọi điện thoại bằng phần mềm Viber nói cho Phan Văn Anh Vũ biết việc Vũ có thể bị khởi tố, bắt giam và khuyên Vũ bỏ trốn.
Sau khi nhận được thông tin từ Linh, Phan Văn Anh Vũ đã bỏ trốn sang Singapore. Tuy nhiên, sau đó, Vũ đã bị bắt và di lý về Việt Nam.
Theo cáo buộc, bị cáo Nguyễn Duy Linh ngay từ đầu ngoan cố không khai nhận tội, phủ nhận toàn bộ sự việc. Khi cơ quan điều tra có đủ căn cứ chứng minh, Nguyễn Duy Linh mới thừa nhận có việc quan hệ quen biết với Phan Văn Anh Vũ, có nhận quà nhiều lần nhưng không thừa nhận là tiền. Tuy nhiên, kết quả điều tra của cơ quan điều tra đủ cơ sở khẳng định hành vi phạm tội của các bị cáo như đã nêu.
Viện Kiểm sát cho rằng, các bị cáo phạm tội thuộc trường hợp đặc biệt nghiêm trọng, hành vi phạm tội đã xâm phạm hoạt động đúng đắn của cơ quan Nhà nước, gây dư luận bất bình, làm suy giảm niềm tin vào cơ quan Nhà nước. Vì vậy, cần xử phạt nghiêm khắc để có tác dụng răn đe và phòng ngừa chung.