Bắt đầu từ năm 2003, PGS.TS Trần Doãn Sơn nhận được văn bằng bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ đầu tiên cho thiết bị và quy trình hấp hạt điều bằng hơi bão hòa. Năm 2008, ông tiếp tục có thêm 2 bằng sáng chế về thiết bị sấy bánh tráng, thiết bị sấy nhân hạt điều.
Một năm sau, ông tiếp tục được cấp thêm 2 bằng sáng chế khác về thiết bị sản xuất bánh tráng rế tự động và thiết bị sản xuất bánh phở tươi công suất nhỏ. Ngoài ra, các thiết bị rang cà phê, sản xuất bánh tráng dạng tròn, sản xuất bánh tráng rế tự động, sản xuất bún bao gồm cơ cấu ép đùn bột nước cũng được công nhận quyền sở hữu trí tuệ.
Đáng nói hơn, các công trình nghiên cứu của ông không chỉ dừng lại ở bằng sáng chế, mà còn ở danh sách “dài dằng dặc” các đơn vị được ký hợp đồng tiếp nhận chuyển giao công nghệ hoặc mua sản phẩm của công trình.
Ngay từ năm 1999, công trình bánh tráng gạo và bánh tráng rế đã được chuyển giao cho nhiều thương hiệu sản xuất tên tuổi trong nước. Chỉ riêng công trình công nghệ và thiết bị chế biến hạt điều, nhóm nghiên cứu đã xây dựng hơn 200 dây chuyền sản xuất tự động, xuất khẩu nhiều dây chuyền sang các nước trồng điều khác.
Trong khi dây chuyền chế biến cà phê cũng chuyển giao hơn 240 dây chuyền và thiết bị rang xay cho khách hàng trong và ngoài nước, trong đó có nhiều thương hiệu cà phê nổi tiếng trong nước.