Để hợp thức thủ tục thanh toán qua ngân hàng cho các hóa đơn đã bán, Tú và Lộc thành lập nhiều công ty “tài chính” cũng với hình thức mua qua mạng zalo (người đại diện theo pháp luật của các công ty này đều sử dụng giấy tờ giả), sử dụng số điện thoại sim “rác” để đăng ký ứng dụng Intenetbanking để "bơm tiền" cho các đối tượng trung gian làm thủ tục thanh toán "quay vòng".
Đối với các hóa đơn đã bán có mặt hàng cần phải có hồ sơ chứng minh nguồn gốc như: đất, cát, sỏi, gỗ, xăng dầu, thực phẩm…Nguyễn Minh Tú đã qua mạng Internet, mua 32 con dấu giả của cơ quan có thẩm quyền (UBND các tỉnh, các Sở, ngành và các cơ quan đăng kiểm, kiểm định, công chứng) để thiết lập các bộ hồ sơ chứng minh nguồn gốc xuất xứ hàng hóa ghi trên các hóa đơn khống chuyển cho doanh nghiệp mua hóa đơn.
Quá trình điều tra, Cơ quan CSĐT, Công an tỉnh Phú Thọ đã thu giữ 228 con dấu của các doanh nghiệp bán hóa đơn và 32 con dấu giả các cơ quan chức năng, phong tỏa 2 tài khoản với số tiền trên 27 tỷ đồng.
Hiện Cơ quan Cảnh sát điều tra đang tiếp tục xác minh điều tra mở rộng vụ án.
Theo Cơ quan điều tra, hóa đơn điện tử được đưa vào triển khai thí điểm từ 1/11/2018, triển khai chính thức vào 1/11/2020 và kéo dài thực hiện triển khai bắt buộc áp dụng với tất cả các doanh nghiệp từ ngày 1/7/2022.
Bên cạnh những tiện ích rất lớn, không thể phủ nhận cũng đã xuất hiện tội phạm mua bán trái phép hóa đơn điện tử với quy mô, mức độ ngày càng lớn và thủ đoạn lợi dụng môi trường quản lý điện tử thông thoáng, để thực hiện hành vi phạm tội ngày càng tinh vi, khó bị phát hiện và khó chứng minh hành vi phạm tội.