Sau đó một năm, thầy Ký cùng gia đình chuyển vào sinh sống và chữa bệnh tại TP.HCM, đồng thời chuyển công tác làm việc tại Phòng GD&ĐT quận Gò Vấp.
Năm 2005, Trung tâm Sách Kỷ lục Việt Nam đã tặng ông danh hiệu: "Người thầy đầu tiên của Việt Nam dùng chân để viết”. Ông cũng được mời đi giao lưu, giáo dục lẽ sống và bồi dưỡng lòng ham học cho nhiều thế hệ trẻ trong cả nước.
Không những vậy, từ khi không may bị bệnh suy thận, ông vẫn giàu nghị lực khi vừa chống chọi với bệnh tật vừa miệt mài đi giao lưu với học sinh, vừa tiếp khách tư vấn tâm và vừa sáng tác.
Năm 2013, nhân dịp Nick Vujicic đến Việt Nam, ông là một trong 24 tấm gương "Hạt giống tâm hồn" của Việt Nam được vinh danh ở Trung tâm Hội nghị White Palace (TP.HCM).
Được biết, theo thông tin từ gia đình, tang lễ của nhà giáo Nguyễn Ngọc Ký được cử hành tại tư gia số 12 đường 623D Khu dân cư Nam Long, phường Phước Long, TP Thủ Đức, TP.HCM.
Lễ nhập quan sẽ diễn ra vào lúc 8 giờ sáng nay, 28-9, lễ động quan được tổ chức lúc 14 giờ chiều cùng ngày. Sau đó, linh cữu cố nhà giáo ưu tú Nguyễn Ngọc Ký được đưa đi hỏa táng tại Phước Lạc Viên thuộc TP Dĩ An, tỉnh Bình Dương.