Giai đoạn 2021 - 2030 tập trung vào một số ngành công nghiệp theo thứ tự ưu tiên như sau: (1) Công nghiệp chế biến nông lâm thủy sản và thực phẩm chất lượng cao; (2) Công nghiệp cơ khí chế tạo công nghệ cao (chủ đạo là đóng tàu); (3) Công nghiệp năng lượng sạch, năng lượng tái tạo, chế biến dầu khí; (4) Công nghiệp điện tử, viễn thông, bán dẫn; (5) Công nghiệp hỗ trợ cho các ngành cơ khí chế tạo, điện tử, viễn thông, bán dẫn, dệt may - da giày; (6) Công nghiệp công nghệ sinh học, sản xuất vaccine, dược liệu biển; (7) Công nghiệp sản xuất vật liệu xây dựng mới.
Ba vùng động lực phát triển của Khánh Hòa là các vịnh Vân Phong, Cam Ranh và TP Nha Trang.
Cụ thể, phát triển khu vực vịnh Vân Phong (Khu kinh tế Vân Phong) trở thành một trung tâm kinh tế biển hiện đại, địa bàn động lực phát triển của tỉnh Khánh Hòa nói riêng và khu vực Nam Trung Bộ nói chung.
Phát triển thành phố Nha Trang là trung tâm kinh tế, chính trị, văn hóa, xã hội, khoa học, công nghệ, đào tạo nguồn nhân lực; phát huy hiệu quả hơn nữa vai trò một cực tăng trưởng quan trọng, cửa ngõ hội nhập quốc tế của tỉnh Khánh Hòa.
Phát triển khu vực vịnh Cam Ranh là vùng trọng điểm về kinh tế, xã hội gắn với quốc phòng, an ninh; trong đó phát triển thành phố Cam Ranh là đô thị du lịch - logistics, huyện Cam Lâm trở thành đô thị sân bay hiện đại, sinh thái, đẳng cấp quốc tế.
Về phương án quy hoạch hệ thống đô thị, đến năm 2030, Khánh Hòa có hai đô thị loại I (thành phố Nha Trang và đô thị mới Cam Lâm), một đô thị loại II (thành phố Cam Ranh), một đô thị loại III, hai đô thị loại IV và các đô thị loại V.
Trong đó, thành phố Nha Trang là đô thị hạt nhân; thành phố Cam Ranh là đô thị du lịch - logistics; huyện Cam Lâm trở thành đô thị sân bay hiện đại, sinh thái, đẳng cấp quốc tế; huyện Vạn Ninh trở thành đô thị du lịch biển cao cấp; thị xã Ninh Hòa là đô thị công nghiệp; huyện Diên Khánh là đô thị sinh thái, văn hóa truyền thống; huyện Khánh Sơn và Khánh Vĩnh là các tiểu đô thị sinh thái núi rừng.