Trên thực tế, đã có không ít sinh viên buộc phải từ bỏ lựa chọn học song ngành sau 1 - 2 năm theo đuổi vì… quá đuối về năng lực, sức khỏe lẫn học phí.
Kết quả khảo sát của nhóm nghiên cứu Huỳnh Thị Thanh Hường (Trường ĐH Cần Thơ) về tình hình học song ngành cho thấy sinh viên có 5 nhóm khó khăn chính: (1) Thiếu thông tin và kết nối trong học tập - đào tạo song ngành; (2) quy định học phần tiên quyết ở ngành học 2 khi hoàn thành chương trình đào tạo ở ngành 1; (3) kiến thức, yêu cầu từ hai ngành học có nhiều khác biệt; (4) số tín chỉ tối đa cho phép khi sinh viên học song ngành và (5) khối lượng bài tập từ hai chuyên ngành. Đáng chú ý, theo nhóm nghiên cứu, những khó khăn đó ngoài yếu tố thuộc về bản thân sinh viên, còn xuất phát từ sự thiếu thông tin và hướng dẫn của nhà trường.
Thực tế cho thấy hiện vẫn còn nhiều trường chưa xây dựng chương trình đào tạo song ngành và ban hành bộ quy chế đi kèm, mà chỉ dừng lại ở việc cho phép sinh viên theo học. Việc học song ngành có nơi hầu như là một cấu trúc nằm ngoài chương trình đào tạo của trường.
Nhiều trường chưa có nghiên cứu thấu đáo về “độ xa” của hai ngành học để sinh viên có thể học tốt cả hai. Để giảm áp lực cho người học, thời gian qua nhiều trường đã giảm khá nhiều nội dung trùng lặp so với chương trình cơ bản. Thế nhưng biện pháp này cũng đặt ra những dấu hỏi về mặt bảo đảm chất lượng.
Thách thức về quản lý là không nhỏ, bởi nhà trường phải đảm bảo chuẩn đầu ra của hai ngành trong chương trình đào tạo song ngành là như nhau về lượng kiến thức, kỹ năng, thậm chí là cơ hội nghề nghiệp.