Bản án sơ thẩm kết luận năm 2020, sau khi Chính phủ chỉ đạo tổ chức các chuyến bay đưa công dân ở nước ngoài về nước, Bộ Ngoại giao (thông qua Cục Lãnh sự) trên cơ sở thống nhất với Bộ Y tế, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Quốc phòng và Bộ Công an đề xuất kế hoạch tổ chức các chuyến bay combo.
Về quy trình cấp phép chuyến bay, doanh nghiệp sẽ gửi hồ sơ đến Cục Lãnh sự để cơ quan này lấy ý kiến tổ công tác 5 bộ, ngành rồi trình Chính phủ duyệt. Sau đó, kế hoạch được thông báo cho doanh nghiệp để tổ chức thực hiện chuyến bay.
Quá trình cấp phép các chuyến bay và phê duyệt cách ly tại địa phương, từ tháng 9/2020 - 12/2022, các bị cáo thuộc các bộ, ngành, địa phương đã cấu kết với một số đối tượng khác đã có hành vi nhũng nhiễu, yêu cầu doanh nghiệp đưa tiền.
Trong đó, cựu Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Tô Anh Dũng cùng 24 bị cáo lợi dụng chức vụ, quyền hạn, nhiệm vụ được giao đã nhận hối lộ tổng số tiền gần 165 tỷ đồng, gây thiệt hại trên 10 tỷ đồng.
Trong vụ án, HĐXX sơ thẩm nhận xét bị cáo Phạm Trung Kiên là người nhận hối lộ số tiền lớn nhất, với hơn 42,6 tỷ đồng; 23 bị cáo là đại diện các doanh nghiệp đã đưa hối lộ hơn 226 tỷ đồng; 4 cá nhân môi giới hối lộ tổng cộng hơn 74 tỷ đồng và lừa đảo chiếm đoạt gần 25 tỷ đồng; người đưa hối lộ nhiều nhất là Lê Hồng Sơn (Tổng giám đốc Công ty Bluesky) và Phó tổng giám đốc Nguyễn Thị Thanh Hằng, với tổng số tiền hơn 100 tỷ đồng.