Quy trình cấp hộ chiếu vắc-xin điện tử là người dân khai báo thông tin chính xác. Sau đó, cơ sở tiêm chủng chịu trách nhiệm rà soát thông tin, kết nối với cơ sở dữ liệu quốc gia và dân cư để xác thực. Tất cả người dân đã tiêm chủng và có thông tin trên nền tảng quản lý tiêm chủng sẽ có một QR code hiển thị trên ứng dụng PC Covid-19 hoặc Sổ sức khỏe điện tử để kiểm soát khi ra nước ngoài. Bộ Y tế tích hợp chứng nhận điện tử tiêm vắc-xin cùng hệ thống ứng dụng hiện tại để thuận tiện cho người dân.
Từ cuối năm 2021, Việt Nam đã nỗ lực phát triển chứng nhận tiêm Covid điện tử để đón khách quốc tế trở lại. Hộ chiếu vắc-xin của Việt Nam có 11 thông tin về người mang, số lượng, chủng loại vắc-xin được tiêm, mã số của chứng nhận. Các thông tin được ký số, mã hóa và đóng gói dưới dạng mã QR định dạng 2D. Mã QR trên hộ chiếu vaccine hết hạn sau 12 tháng kể từ ngày khởi tạo.