Khi tổ chức thực hiện, việc xếp thời khóa biểu bắt đầu đã linh hoạt hơn so với năm học trước, phù hợp chuyên môn của giáo viên, bảo đảm định mức giờ dạy/tuần. Đối với giáo viên được phân công dạy cả 2 chương trình các trường chủ động điều chỉnh thời khóa biểu để bố trí cho phù hợp.
Việc thực hiện chương trình đảm bảo tiến độ, bảo đảm nội dung theo quy định. Việc tổ chức dạy học tạo điều kiện phát triển phẩm chất, năng lực của học sinh theo quy định của Chương trình GDPT 2018.
Tuy nhiên, qua báo cáo của các tỉnh và kết quả kiểm tra một số địa phương cho thấy còn một số tồn tại, cụ thể:
Việc phân công giáo viên dạy các môn học mới như môn Khoa học tự nhiên, Hoạt động trải nghiệm và hướng nghiệp, nội dung giáo dục địa phương chưa bảo đảm thực hiện nguyên tắc phân công giáo viên phù hợp với năng lực chuyên môn theo hướng dẫn của Bộ GD&ĐT dẫn tới khó khăn trong việc bảo đảm chất lượng đồng thời làm tăng áp lực của giáo viên.
Khi xây dựng kế hoạch giáo dục nhà trường (việc xếp thời khóa biểu) chưa bảo đảm tính linh hoạt và phù hợp với điều kiện về cơ sở vật chất, phân công giáo viên đảm nhận các môn học mới, trong khi những giáo viên đó vẫn phải đảm nhiệm môn học theo Chương trình GDPT 2006. Điều này dẫn đến ở một số thời điểm giáo viên phải dạy ở lớp 6, 7 vượt quá nhiều so với định mức/tuần, ảnh hưởng nhiều đến việc dạy các môn học.