Trong thời gian khai quật khảo cổ, Bộ Văn hóa-Thể thao và Du lịch lưu ý các cơ quan được cấp giấy phép phải bảo vệ địa tầng của di tích, có trách nhiệm tuyên truyền về việc bảo vệ di sản văn hoá ở địa phương; Đồng thời, không công bố kết luận chính thức khi chưa có sự thỏa thuận của cơ quan chủ quản và Cục Di sản văn hóa.
Những hiện vật thu thập được trong quá trình khai quật khảo cổ, Bảo tàng tỉnh Bắc Ninh và Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Bắc Ninh có trách nhiệm giữ gìn, bảo quản tránh để hiện vật bị hư hỏng, thất lạc.
Sau khi kết thúc đợt khai quật khảo cổ, Bảo tàng tỉnh Bắc Ninh và Viện Nghiên cứu Kinh thành phải có báo cáo sơ bộ và đề xuất phương án quản lý, bảo vệ khu vực đã khai quật trong thời gian chậm nhất 1 tháng và báo cáo khoa học trong thời gian chậm nhất 1 năm.