Năm 2013, Bộ Giao thông vận tải quyết định phê duyệt danh sách doanh nghiệp thực hiện cổ phần hóa, trong đó có Cienco 1. Sau đó, ban Chỉ đạo cổ phần hóa Cienco1 được thành lập, do ông Phạm Dũng làm trưởng ban, ông Cấn Hồng Lai làm phó trưởng ban.
Tháng 6/2013, trước khi xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa, ông Cấn Hồng Lai chủ trì cuộc họp để rà soát các khoản nợ khó đòi của 50 công ty đối với Cienco 1, tổng số tiền hơn 364 tỉ đồng. Các khoản nợ của 50 công ty đều không đủ điều kiện để xếp vào dạng nợ không có khả năng thu hồi. Tuy nhiên, tất cả thành viên tham dự cuộc họp đều thống nhất sẽ đề xuất sử dụng nguồn dự phòng của Cienco 1 để xử lý một phần số nợ, với tổng trị giá gần 185 tỉ đồng.
Sau khi chuyển thành công ty cổ phần, Cienco 1 thu hồi được hơn 65 tỉ đồng tiền nợ của 6 công ty trước đây nhưng lại không bàn giao cho Nhà nước mà hạch toán vào hoạt động sản xuất, kinh doanh.
Ngoài ra, khi đang là doanh nghiệp 100% vốn Nhà nước, Cienco 1 đang quản lý 4 khu đất có diện tích từ 422 m2 đến 16.706 m2 tại các tỉnh, thành phố như TP.HCM, Tiền Giang, Long An, Gia Lai. Theo quy định, nếu chuyển nguyên trạng, Cienco 1 phải xây dựng phương án sử dụng đất gửi UBND địa phương nơi có đất để xác định giá trị quyền sử dụng đất theo thị trường để tính vào giá trị doanh nghiệp.
Tuy nhiên, các bị cáo không thực hiện như trên mà chỉ chuyển nguyên trạng các khu đất cho công ty cổ phần. Cáo trạng xác định điều này gây thiệt hại 54,7 tỷ đồng. Cộng với khoản nợ 185 tỷ đồng không được hạch toán vào giá trị doanh nghiệp khi cổ phần hóa, cơ quan tố tụng xác định tổng thiệt hại trong vụ án là hơn 239 tỷ đồng./.