Liên quan đến vụ án này, trước đó, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã khởi tố bị can, bắt tạm giam khoảng 15 bị can, trong đó có các bị can Vũ Kiên Trung, Chủ tịch Công ty TNHH MTV Công viên cây xanh Hà Nội; Nguyễn Xuân Hanh, Tổng Giám đốc Công ty TNHH MTV Công viên cây xanh Hà Nội; Đỗ Quang Tiến, Giám đốc Xí nghiệp cây xanh cây hoa cây cảnh thuộc Công TNHH MTV Công viên cây xanh Hà Nội; Hoàng Đình Văn, Giám đốc Công ty Hoàng Anh Phát, về các tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí, Buôn lậu.
Bên cạnh đó, Cơ quan điều tra còn khởi tố đối với bị can Đỗ Thị Hạnh và Nguyễn Thị Ngữ về tội "In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách nhà nước" theo Điều 203 Bộ luật Hình sự. Khởi tố bị can đối với Nguyễn Tuấn Nghĩa, Giám đốc Công ty TNHH Phát triển Vì nhân dân, và Kiều Thị Thúy, Kế toán Công ty TNHH Xanh Hòa Lạc và Công ty TNHH Phát triển Vì nhân dân, về tội "In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách nhà nước" theo Điều 203 Bộ luật Hình sự.
Bước đầu cảnh sát xác định trong quá trình thực hiện 2 Hợp đồng số 1343/HĐ-BDT ngày 31-12-2016 và số 1090/HĐ-BDT ngày 31-12-2017 (trong số 15 Hợp đồng giữa Ban Duy tu các công trình hạ tầng kỹ thuật đô thị thuộc Sở Xây dựng TP Hà Nội và Công ty TNHH MTV Công viên cây xanh Hà Nội, các bị can đã nâng khống giá một số loại cây (chủ yếu là cây Chà là và cây Bàng lá nhỏ, trong tổng số trên 17 loại cây theo hợp đồng), gây thiệt hại tài sản nhà nước khoảng 30 tỉ đồng. Ngoài ra, còn xác định một số cây trồng mới, thay thế, bổ sung được các đối tượng nhập lậu từ Trung Quốc về Việt Nam.