Bản án sơ thẩm nêu năm 2016, ông Nguyễn Văn Tứ là người có thẩm quyền quyết định đầu tư, mua sắm gói thầu số hóa dữ liệu doanh nghiệp. Tuy nhiên, quá trình thực hiện các gói thầu, từ đề xuất của Bùi Quang Huy (Tổng giám đốc Công ty Nhật Cường), ông Chung với tư cách chủ tịch thành phố đã nhiều lần gọi điện chỉ đạo quyết liệt bị cáo Tứ dừng mở thầu. Việc làm này trái quy định của pháp luật.
Ông Chung còn yêu cầu Sở KH&ĐT chọn công nghệ mới của Nga và từ đó, tạo điều kiện cho Công ty Nhật Cường trúng thầu, thí điểm số hóa. Ngoài ra, Công ty Minh Hoa (do vợ ông Chung làm giám đốc) ký hợp đồng khống với Nhật Cường để hợp thức hóa hồ sơ năng lực cho doanh nghiệp dự thầu.
Cấp sơ thẩm quy kết bị cáo Chung vì vụ lợi cá nhân, đã lợi dụng chức vụ chủ tịch Hà Nội, chỉ đạo Sở KH&ĐT cùng nhóm bị cáo Tứ “ưu ái” trái quy định cho doanh nghiệp được thí điểm số hóa dữ liệu doanh nghiệp của Hà Nội.
Ngày 31/12/2021, ông Chung bị TAND Hà Nội tuyên phạt 3 năm tù về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Ngoài vụ án trên, ông Nguyễn Đức Chung đã bị tòa phúc thẩm tuyên phạt tổng mức án 10 năm tù trong 2 vụ án gồm chiếm đoạt tài liệu mật và chỉ đạo mua hóa chất Redoxy 3C trái quy định.