VKS khẳng định Công ty CP Dược phẩm Cửu Long phải chấp hành cơ chế quản lý giá, trợ giá, đồng thời phải cung cấp thông tin về giá. Quá trình sản xuất thuốc, các bị cáo đã không tuân thủ các quy định nêu trên, giữ lại số tiền 3,8 triệu USD, gây thiệt hại cho Nhà nước.
VKS nhận định lời khai của các bị cáo tại phiên tòa là phù hợp với các lời khai trong tài liệu hồ sơ vụ án nên việc VKS truy tố các bị cáo tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ” là có căn cứ. Đối với nhóm tội danh này, theo VKS, bị cáo Lương Văn Hóa là người giữ vai trò chính, có trách nhiệm cao nhất. Các bị cáo còn lại bị VKS xác định có vai trò đồng phạm với bị cáo Hóa.
Đối với các bị cáo tại Bộ Y tế, theo VKS, bị cáo Dương Huy Liệu, Nguyễn Nam Liên và Phạm Thị Minh Nga được giao nhiệm vụ ký kết, theo dõi việc thực hiện, thanh quyết toán hợp đồng sản xuất thuốc giữa Bộ Y tế và Công ty CP Dược Cửu Long, quá trình thực hiện hợp đồng và khi thanh lý hợp đồng đã không xem xét, kiểm tra việc thực hiện điều khoản đàm phán, giảm giá mua nguyên liệu được quy định trong hợp đồng (không kiểm tra chứng từ thanh toán mua nguyên liệu; không yêu cầu báo cáo việc thực hiện điều khoản đàm phán giảm giá).
Bị cáo Cao Minh Quang được giao nhiệm vụ chỉ đạo định kỳ kiểm tra, đánh giá, tổng hợp tình hình mua, bảo quản, sử dụng thuốc Tamiflu, nguyên liệu Oseltamivir và sản xuất thuốc dự trữ.
Tuy nhiên, bị cáo Cao Minh Quang đã thiếu trách nhiệm, không thực hiện đầy đủ nhiệm vụ được giao, không chỉ đạo kiểm tra để làm rõ số tiền hơn 3,8 triệu USD Công ty CP Dược Cửu Long chưa thanh toán cho nhà cung cấp nguyên liệu nên không phát hiện được Công ty CP Dược Cửu Long đã giữ lại, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước. VKS nhận định bị cáo Cao Minh Quang đã không làm hết chức trách được giao.
Các bị cáo còn lại thiếu trách nhiệm, chưa làm hết chức trách nhiệm vụ được giao trong việc kiểm tra, làm rõ số tiền 3,8 triệu USD mà Công ty được giảm giá nhưng không trả lại Bộ Y tế.
Theo VKS, lời khai của các bị cáo tại phiên tòa phù hợp với các tài liệu chứng cứ có trong hồ sơ vụ án nên việc truy tố là có căn cứ, đúng người, đúng tội, đúng pháp luật. Các bị cáo trong vụ án đều không có tình tiết tăng nặng. Các bị cáo đều có tình tiết giảm nhẹ được ghi nhận cụ thể trong cáo trạng, các bị cáo tự nguyện nộp số tiền khắc phục hậu quả.