Sau đó, các bị cáo tại Công ty Việt Á, Bộ Y tế, Bộ KH-CN và một số đơn vị liên quan đã có hàng loạt sai phạm, biến kết quả nghiên cứu về kit test Covid-19 từ tài sản nhà nước thành tài sản tư nhân của công ty Việt Á. Công ty Việt Á sau đó sản xuất hơn 8,7 triệu kit test, nâng khống giá nguyên liệu đầu vào rồi bán cho các đơn vị, cơ sở y tế trên khắp cả nước, thu lợi bất chính hơn 1.235 tỷ đồng.
Để được tham gia sản xuất kit test, cấp phép lưu hành rồi phân phối kit test đến nhiều địa phương, Phan Quốc Việt đã bỏ ra hơn 106 tỷ đồng hối lộ các quan chức.
Trong đó, cáo trạng xác định, người nhận nhiều nhất là cựu Bộ trưởng Nguyễn Thanh Long, với 2,25 triệu USD, tương đương hơn 51 tỷ đồng. Trong đó, VKS cáo buộc ông Long cũng là người trực tiếp can thiệp và chỉ đạo cấp dưới tác động để Công ty Việt Á được cấp số đăng ký lưu hành, hiệp thương giá, phân bổ và thanh toán tiền kit test. Hơn nữa, cựu bộ trưởng còn đứng ra giới thiệu Việt Á với lãnh đạo một số địa phương để giúp công ty này tiêu thụ kit test.
Sau ông Nguyễn Thanh Long, cựu Bộ trưởng Chu Ngọc Anh nhận hối lộ 200.000 USD, tương đương hơn 4,6 tỷ đồng.
Ông Chu Ngọc Anh bị cáo buộc là người ký quyết định phê duyệt đề tài nghiên cứu có sự tham gia của Công ty Việt Á, đồng ý để Bộ KH-CN tổ chức họp báo nhằm hỗ trợ quảng bá hình ảnh kit test Việt Á, ký quyết định khen thưởng và ký tờ trình đề nghị Thủ tướng khen thưởng Công ty Việt Á…
Ngoài ra, phía Công ty Việt Á chi phần trăm ngoài hợp đồng cho lãnh đạo các đơn vị địa phương mua kit test với tổng số tiền lên tới cả chục tỷ đồng.
Công ty này còn có có chủ trương ứng kit test trước cho các đơn vị sử dụng, sau đó mới hợp thức hồ sơ đấu thầu để bán được nhiều kit test tại nhiều địa phương, cơ sở y tế.
Cơ quan công tố xác định các bị cáo gây thiệt hại tổng cộng hơn 1.200 tỷ đồng của Nhà nước, cơ quan, tổ chức khác, trong đó thiệt hại Nhà nước là hơn 400 tỷ đồng.
Danh sách 38 bị cáo trong đại án Việt Á
Phan Quốc Việt (Tổng giám đốc), Vũ Đình Hiệp (Phó tổng giám đốc Công ty Việt Á) bị truy tố cùng lúc 2 tội danh đưa hối lộ và vi phạm quy định đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng.
6 người bị truy tố tội nhận hối lộ: Trịnh Thanh Hùng (cựu Phó vụ trưởng Vụ KH-CN các ngành kinh tế - kỹ thuật, Bộ KH-CN), Nguyễn Thanh Long (cựu Bộ trưởng Bộ Y tế), Nguyễn Huỳnh (cựu thư ký của ông Nguyễn Thanh Long), Nguyễn Minh Tuấn (cựu Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và công trình y tế, Bộ Y tế), Nguyễn Nam Liên (cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch tài chính, Bộ Y tế), Phạm Duy Tuyến (cựu Giám đốc Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Hải Dương).
3 người bị truy tố tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, gồm: Nguyễn Văn Trịnh (cựu Trợ lý Phó thủ tướng), Phạm Xuân Thăng (cựu Bí thư Tỉnh ủy Hải Dương), Phạm Mạnh Cường (cựu Giám đốc Sở Y tế Hải Dương).
2 người bị truy tố tội vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí, gồm: Chu Ngọc Anh (cựu Bộ trưởng Bộ KH-CN), Phạm Công Tạc (cựu Thứ trưởng Bộ KH-CN).
2 người bị truy tố tội đưa hối lộ, gồm: Phan Tôn Noel Thảo (Trợ lý Khối tài chính Công ty Việt Á), Hồ Thị Thanh Thảo (Thủ quỹ Công ty Việt Á).
21 người bị truy tố tội vi phạm quy định đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng, gồm các bị cáo là nhân viên Công ty Việt Á và cán bộ y tế của một số địa phương.
2 người còn lại bị truy tố tội lợi dụng ảnh hưởng đối với người có chức vụ, quyền hạn để trục lợi, gồm: Nguyễn Thị Thanh Thủy (cựu Chuyên viên Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam), Nguyễn Bạch Thùy Linh (Giám đốc Công ty TNHH MTV SNB Holdings).