Một số hạng mục đến nay chưa bàn giao cho nhà thầu thi công, như: Giếng thông gió tại dải phía Nam (Ga S9) và một số kết cầu phụ trợ... là không thực hiện đúng theo quy định; không thực hiện đúng quy định tại điều 2.1 phần III chương III-2 hợp đồng với các nhà thầu: "Quyền tiếp cận công trường tối đa 30 ngày sau ngày khởi công".
Trong quá trình thương thảo hợp đồng, ký kết hợp đồng MRB đã không thương thảo với nhà thầu về điều khoản bàn giao mặt bằng từng phần và kế hoạch bàn giao mặt bằng cho nhà thầu thi công là không thực hiện đúng theo Khoản 3 điều 108 Luật Xây Dựng...
Thanh tra TP Hà Nội cho biết việc chậm bàn giao mặt bằng cho nhà thầu dẫn đến dự án bị kéo dài, làm tăng chi phí thực hiện dự án. Trách nhiệm thuộc về lãnh đạo Ban quản lý đường sắt đô thị Hà Nội qua từng thời kỳ (từ năm 2013-2022).
Từ kết luận, thanh tra kiến nghị UBND TP Hà Nội giao Sở Nội vụ xem xét trách nhiệm của các tổ chức và cá nhân để xảy ra các tồn tại nêu tại phần kết luận tham mưu UBND TP xử lý theo quy định.
Cơ quan này cũng kiến nghị UBND TP Hà Nội chỉ đạo Ban quản lý đường sắt đô thị Hà Nội tổ chức kiểm tra rà soát lại các đơn giá áp dụng trong việc lập, thẩm định phê duyệt dự toán ban đầu đối với gói thầu số CP01, CP02.
Việc rà soát làm căn cứ để thực hiện việc điều chỉnh giá theo quy định đối với nhà thầu thực hiện hai gói thầu trên; cũng như thanh toán, quyết toán với đơn vị thực hiện gói thầu CP01 và gói thầu CP02.
Khẩn trương thực hiện di chuyển các công trình hạ tầng kỹ thuật để bàn giao mặt bằng cho nhà thầu thực hiện dự án.
Tuyến đường sắt đô thị thí điểm đoạn Nhổn - ga Hà Nội được khởi công từ tháng 9/2010 và dự kiến hoàn thành vào năm 2016 có chiều dài 12,5km, gồm 8,5km trên cao và 4km đi ngầm.
Tuy nhiên, sau gần 13 năm thi công, đến nay tuyến đường sắt này vẫn chưa đưa vào khai thác thương mại. Tổng mức đầu tư tăng từ 18.000 tỷ đồng lên hơn 34.000 tỷ đồng.
Giữa tháng 5/2023, UBND TP Hà Nội đề xuất Thủ tướng điều chỉnh sơ bộ tổng mức đầu tư dự án đường sắt Nhổn - ga Hà Nội tăng thêm gần 2.000 tỷ đồng, điều chỉnh thời gian thực hiện từ 2009-2022 thành 2009-2027.
Hà Nội đang đặt lộ trình vận hành chính thức đoạn trên cao của dự án vào ngày 30/4/2024.