Ponagar còn ẩn chứa những bí mật bất ngờ về những tấm bia ký cổ khắc bằng chữ Sanskrit của Ấn Độ, chữ Chăm pa trên đá, gạch và cả thân tượng. 20 bộ bia ký một thời bị lưu lạc nhưng đến nay được quy tụ tại Ponagar là những “nhân chứng” sống động về lịch sử, văn hoá, lai lịch vua chúa Chăm pa xưa.
Tổng thể kiến trúc của Ponagar gồm 3 tầng, đi từ dưới lên trên. Ở tầng thấp, ngang mặt đất bằng là ngôi tháp cổng mà nay không còn nữa. Từ đấy có những bậc thang bằng đá dẫn lên tầng giữa.
Ở tầng giữa gọi là Mandap dài 20m, rộng 15m, gồm 4 hàng cột hình bát giác (bao gồm 10 cột lớn và 12 cột nhỏ). Các cột trụ này còn có tên gọi khác là cột tiền đình. Trên thân các cột lớn có các lỗ mộng, khoét sâu vào thân cột, đối xứng ngang bằng với đỉnh của các cột nhỏ.
Tháp thờ chính ở dãy trước khá lớn và cao khoảng 23 mét, là tháp Ponagar. Tháp có 4 tầng, mỗi tầng đều có cửa, tượng thần và hình thú bằng đá. Bên trong là tượng nữ thần tạc bằng đá hoa cương màu đen ngồi trên bệ đá uy nghiêm hình đài sen, lưng tựa phiến đá lớn hình lá bồ đề.
Đến với Ponagar là đến với một kiệt tác về điêu khắc Chăm pa. Cũng từ ngôi tháp này, bạn sẽ thấy Nha Trang đẹp hơn, lung linh và huyền diệu trước màu xanh nước biển.