Là môn học mới, lần đầu tiên triển khai nên giai đoạn đầu tổ chức dạy học, kiểm tra, đánh giá, đặc biệt là Khoa học tự nhiên không tránh khỏi khó khăn, lúng túng. Bên cạnh nguyên nhân khách quan, đặc biệt từ điều kiện đội ngũ, những bất cập nảy sinh còn bởi nhà trường chưa chủ động trong xây dựng phân phối chương trình các môn học theo tinh thần: Không nhất thiết phải chia đều số tiết/tuần, không nhất thiết phải dạy học ở các tuần.
Điều này dẫn đến khó khăn trong bố trí giáo viên, xếp thời khóa biểu phù hợp với định mức giờ dạy/tuần. Có giáo viên vì vừa đảm nhiệm dạy môn học mới và môn học theo Chương trình GDPT 2006 nên ở một số thời điểm phải dạy vượt quá nhiều so với định mức.
Bên cạnh đó, vẫn còn trường chưa bố trí dạy môn Khoa học tự nhiên bảo đảm theo đúng mạch các chủ đề, logic của chương trình, mà dạy song song 3 phân môn, khó cho học trò trong tiếp thu kiến thức, vì không được học theo trình tự của chương trình, SGK. Một giáo viên chỉ đảm nhiệm một số chủ đề nên khó nắm bắt được tình hình học tập của học sinh ở các chủ đề khác trong cùng môn học không phải do mình trực tiếp giảng dạy. Vì có từ 2 đến 3 giáo viên cùng giảng dạy một môn nên triển khai kiểm tra, đánh giá cũng còn có lúng túng...
Những tồn tại này đang dần được khắc phục, việc dạy học môn tích hợp đã tốt hơn lên ở các trường sau 2 năm triển khai. Tất nhiên, cũng có không ít cơ sở, khó khăn nói trên vẫn hiện hữu. Nhưng cần nhận thức rằng, đổi mới Chương trình, SGK GDPT là vấn đề lớn. Lần đầu tiên chúng ta triển khai một chương trình GDPT được xây dựng tổng thể, toàn diện, đồng bộ tất cả môn học, hoạt động giáo dục theo hướng tiếp cận phát triển phẩm chất, năng lực học sinh, nên không tránh khỏi lúng túng ban đầu.
Đặc thù giáo dục cần phải có thời gian, lâu dài và kiên trì mục tiêu đổi mới; triển khai các môn học tích hợp cũng vậy. Và thành công đổi mới giáo dục nói chung, môn học mới nói riêng phụ thuộc phần lớn vào quyết tâm cao đối với việc triển khai trong toàn xã hội, nhất là đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên, học sinh.