Năm 2018, thực tế chỉ có hơn 2,6 tỉ đồng đã được nâng khống lên 12,2 tỉ đồng. Cơ quan chức năng đã phê duyệt theo con số được nâng khống.
Về phản ánh dù chưa có kết quả trúng thầu nhưng BV cho Công ty cổ phần Đầu tư thương mại và Xây dựng Hoàng Anh vào thi công tháo dỡ, sửa chữa mái nhà khám bệnh Laser và thẩm mỹ; sửa chữa kho thuốc, nhà xe bệnh viện vào năm 2022, kết luận cho thấy đây là hành vi vi phạm quy định đấu thầu.
Bên cạnh đó, qua xác minh, Sở Y tế Nghệ An còn phát hiện Bệnh viện Da liễu Nghệ đã lập khống hợp đồng lao động cho 7 điều dưỡng. Theo đó, các hợp đồng thể hiện được ký ngày 31-12-2020 và có thời hạn 6 tháng (từ ngày 1-01-2021 đến ngày 30-6-2021).
Kết luận số 1645 mới đây của của Sở Y tế Nghệ An đã chỉ ra sai phạm của từng cá nhân, tập thể, trong đó, riêng cá nhân ông Huỳnh Phúc Sơn, Giám đốc Bệnh viện Da liễu Nghệ An, sai phạm nhiều nhất với tư cách là người đứng đầu bệnh viện.
Về biện pháp xử lý đối với Bệnh viện Da liễu Nghệ An, Sở Y tế đề nghị cấp ủy chi bộ bệnh viện, lãnh đạo bệnh viện kiểm điểm nghiêm túc các tập thể, cá nhân để xảy ra sai phạm, đồng thời xem xét hình thức kỷ luật phù hợp với cá nhân, tập thể sai phạm (nếu có).
Về việc lập số liệu không đúng trong dự thảo đề án thành lập bệnh viện trình các cấp có thẩm quyền phê duyệt và lập khống hợp đồng lao động cho 7 điều dưỡng, "hai hành vi này liên quan đến kết quả phê duyệt Đề án thành lập bệnh viện và điều kiện cấp phép khám, chữa bệnh, Sở Y tế đề nghị UBND tỉnh Nghệ An cho Bệnh viện Da liễu Nghệ An khắc phục những tồn tại, hạn chế, tiếp tục hoạt động khám, chữa bệnh theo chức năng, nhiệm vụ được giao".
Về sai phạm không thực hiện xét nghiệm mà thu tiền, số tiền lên đến hơn 1,6 tỉ đồng, Sở Y tế Nghệ An đề nghị UBND tỉnh Nghệ An giao các cơ quan chức năng có thẩm quyền kiểm tra, xử lý theo quy định của pháp luật.