Khi bị Lý Trần Quán chỉ trích, Nguyễn Khang đáp: “Sợ thầy không bằng sợ giặc, yêu chúa không bằng yêu mình”.
Tự xét thấy mình không bảo vệ được chúa và không biết dạy dỗ học trò, Lý Trần Quán tự tìm tới cái chết. Ông bắt chủ trọ mua cho mình một quan tài, mặc nguyên mũ áo nằm vào trong, rồi sai người đem chôn sống vào ngày 29 tháng 6 âm lịch năm 1786 - hai ngày sau khi Trịnh Khải chết.
Lý Trần Quán được truy phong Công bộ Thượng thư, tước Dực Quận công, Lý Trần Quán còn được phong làm phúc thần.
Đời sau có đôi câu đối về hành trạng của ông rằng: “Khảng khái cần vương dị/ Thung dung tựu nghĩa nan” (nghĩa là: Khảng khái làm việc cần vương thì dễ, ung dung làm trọn đại nghĩa thì khó).
Lời bàn:
Lý Trần Quán thật là một nhà nho hiếm có trên đời. Trên cương vị là một quan viên, ông trung nghĩa hết mình.
Trên cương vị là người thầy, ông để lại một đạo lý - với người nay là một sự ám ảnh ghê gớm.
Có lẽ trong sử Việt, hiếm có người thầy thứ hai được như Lý Trần Quán - lấy cái chết tỏ trách nhiệm khi "không dạy dỗ được học trò".