Tuy nhiên căn cứ các lời khai, kết quả thực nghiệm, sơ đồ do người đưa tiền vẽ và các chứng cứ thu thập được, Viện Kiểm sát khẳng định đủ căn cứ xác định ông Hùng nhận hối lộ 300 triệu đồng.
Theo cáo trạng, ngày 9/7/2020, khi Công ty Phú Hưng Phát bị Đội Quản lý thị trường số 17 kiểm tra, thu giữ 68 đầu sách, tổng số lượng hơn 27.000 quyển sách giả, Cao Thị Minh Thuận thấy Trần Hùng là người trực tiếp chỉ đạo nên đã nhắn tin, gọi điện thoại cho ông Hùng với mục đích nhờ giúp đỡ, chỉ đạo để xử lý nhẹ vụ việc.
Trần Hùng "đồng ý tha" với yêu cầu Thuận chỉ ra một số cơ sở in lậu. Sau đó, Thuận tiếp tục liên hệ với Nguyễn Duy Hải đặt vấn đề chi tiền cho Trần Hùng để xin xử lý nhẹ vụ việc.
Cáo trạng nêu, Trần Hùng đã hướng dẫn Hải nói với Thuận thay đổi lời khai về nguồn gốc số sách, từ "sách mua bị thu giữ" sang "sách do người khác mang đến ký gửi" để được giảm nhẹ.
Ngày 15/7/2020, Hải cầm 300 triệu đồng đựng trong túi ni lông màu đen đến phòng làm việc của Trần Hùng. Tại đây, Hải gọi điện để ông Hùng nói chuyện với Thuận, nghe cụ thể hướng dẫn về cách khai báo. Theo Viện kiểm sát, sau đó, Hùng còn chỉ đạo cấp dưới tạo điện kiện giúp đỡ Thuận theo hướng xử lý hành chính vụ buôn sách lậu.
Quá trình điều tra, bị cáo Trần Hùng không thừa nhận hành vi nhận hối lộ. Tuy nhiên, Viện Kiểm sát cho rằng, căn cứ lời khai của những người khác, các dữ liệu điện tử trích xuất từ điện thoại… có đủ cơ sở xác định Trần Hùng đã nhận 300 triệu đồng để xử lý nhẹ vụ buôn sách lậu.