Năm 2000, Burton giữ chức vụ trưởng bộ phận thiết kế trang phục nữ cho Alexander McQueen, sát cánh cùng người sáng lập Lee McQueen. Sau khi ông qua đời, bà bổ nhiệm làm giám đốc sáng tạo vào năm 2010, tôn vinh di sản của ông bằng cách cắt may sắc sảo đặc trưng của ông và thiên hướng về các chủ đề đen tối hơn, đồng thời bổ sung thêm tầm nhìn độc đáo của riêng bà cho thương hiệu.
Năm 2011, cô nhận được Giải thưởng Nhà thiết kế của năm tại Giải thưởng Thời trang Anh, cùng năm đó cô thiết kế váy cưới cho Kate Middleton, người thường mặc các thiết kế của Alexander McQueen.
“Tôi rất tự hào về tất cả những gì tôi đã làm và về đội ngũ đáng kinh ngạc của tôi tại Alexander McQueen”, Burton nói trong một tuyên bố. “Họ là gia đình tôi và đây là nhà của tôi suốt 26 năm qua. Tôi muốn cảm ơn Francois-Henri Pinault vì đã tin tưởng tôi và cho tôi cơ hội tuyệt vời này. Trên hết tôi muốn cảm ơn Lee Alexander McQueen. Anh ấy đã dạy tôi rất nhiều điều và tôi mãi mãi biết ơn anh ấy. Tôi đang mong chờ tương lai và chương tiếp theo của mình và sẽ luôn mang theo khoảng thời gian quý giá này bên mình”.
Bộ sưu tập cuối cùng của Burton cho nhà mốt sẽ là buổi trình diễn Xuân/Hè 2024 sắp tới của cô trong Tuần lễ thời trang Paris. Giám đốc sáng tạo mới của nhà mốt vẫn chưa được công bố và sẽ được công bố trong thời gian tới.