Theo Viện kiểm sát, Hội đồng nghiệm thu không biết Hùng, Việt, Sơn, gian dối trong việc sử dụng bộ kit Việt Á cung cấp và quy trình nghiên cứu của HVQY không liên quan đến bộ kit Việt Á để nghiệm thu thông qua Đề tài. Điều này dẫn đến quy trình nghiên cứu của HVQY không có sản phẩm được thử nghiệm, đánh giá và hậu quả là Đề tài của HVQY không hoàn thành.
Hồ sơ vụ án kết luận, hành vi gian dối của các bị can trong việc tiếp nhận, nghiên cứu, nghiệm thu, quyết toán số tiền Bộ KH&CN giao HVQY nghiên cứu Đề tài, đã gây thiệt hại gần 18,5 tỷ đồng.
Trong đó, Trịnh Thanh Hùng là người lợi dụng chức vụ quyền hạn được giao để vụ lợi cá nhân trong quá trình thực hiện nhiệm vụ; thông đồng với các cá nhân khác để đưa Công ty Việt Á vào tham gia Đề tài…“Trịnh Thanh Hùng được Phan Quốc Việt chi 350.000 USD; do vậy, Hùng là người khởi xướng, giữ vai trò chính trong vụ án, phải chịu trách nhiệm với tổng thiệt hại Đề tài gần 18,5 tỷ đồng”, Viện kiểm sát quy kết.
Đối với Phan Quốc Việt, bị can vì vụ lợi cá nhân, muốn kit của Công ty mình được cấp phép nên thông đồng với hai đồng phạm trong việc không sử dụng quy trình nghiên cứu của HVQY để sản xuất 20.000 test thử nghiệm mà sử dụng kit của Việt Á cung cấp để đưa đi thử nghiệm, nghiệm thu Đề tài trái pháp luật và vi phạm Hợp đồng.
Bị can là người thực hành tích cực, chịu trách nhiệm sau Trịnh Thanh Hùng , Hồ Anh Sơn.
Còn thượng tá Hồ Anh Sơn bị Viện kiểm sát đánh giá là người lợi dụng chức vụ quyền hạn, vụ lợi cá nhân khi thực hiện nhiệm vụ; ông cũng là người thực hành tích cực, được Phan Quốc Việt chi cho gần 2,5 tỷ đồng.
Bên cạnh vi phạm nêu trên, thượng tá Sơn còn lợi dụng chức vụ, quyền hạn, vụ lợi cá nhân trong mua bán tăm bông, ống môi trường dán nhãn Viện Nghiên cứu y dược học quân sự/HVQY và cung cấp cho Việt Á để bán cho các cơ quan, tổ chức, qua đó được hưởng lợi trái phép hơn 2,1 tỷ đồng.
“Hồ Anh Sơn đã gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến hình ảnh của HVQY, Quân đội. Đây là hành vi phạm tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương nêu trong cáo trạng.