Tuy nhiên, trong buổi họp sáng 10-11 của Viện Văn học, bà Ninh được trả lời báo cáo của ông Khanh không phải là kết luận của Viện Văn học.
Văn bản trả lời chính thức bà Ninh được viện trưởng Nguyễn Đăng Điệp ký nêu rõ: "Trước khi gửi báo cáo cho chủ tịch Viện hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam, tiến sĩ Trần Thiện Khanh đã không báo cáo với viện trưởng Viện Văn học về nội dung công văn".
Ông Điệp cũng cho biết báo cáo này sau đó đã "bị rò rỉ ra ngoài" khiến dư luận nhầm lẫn đó là kết luận của Viện Văn học trong khi vụ việc vẫn đang trong quá trình xử lý, chưa hề có kết luận cuối cùng của cơ quan có thẩm quyền.
Ngày 28-10, ông Điệp đã ký công văn gửi lãnh đạo Viện hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam báo cáo lại toàn bộ quá trình xem xét, giải quyết đơn của bà Ninh.
Theo đó, Viện Văn học khẳng định đơn kiến nghị của bà Ninh là có thật nên có cơ sở để các cơ quan có thẩm quyền xem xét, giải quyết, chứ không phải là không đủ điều kiện để xử lý như ông Khanh báo cáo trước đó.
Ngoài ra, Viện Văn học cũng đề nghị bà Ninh trực tiếp gửi đơn kiến nghị lên Viện hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam để viện xem xét, giải quyết.
Lý do vụ việc dẫn đến tranh chấp bản quyền giữa bà Ninh và bà Trang thuộc phạm vi quản lý của hai đơn vị thuộc, trực thuộc Viện hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam là Học viện Khoa học xã hội (cơ quan chủ trì đề tài), NXB Khoa Học Xã Hội (cơ quan công bố/xuất bản).
Viện Văn học cho biết sẵn sàng cử các chuyên gia, các thành viên trong hội đồng khoa học tham dự và có nhận xét trung thực, khách quan về mặt chuyên môn.