Hoạt động của Hội đồng được thực hiện thông qua hình thức họp tập trung, họp trực tuyến; lấy ý kiến của các thành viên Hội đồng.
Chủ tịch Hội đồng chỉ đạo mọi hoạt động của Hội đồng; chủ trì và kết luận các phiên họp toàn thể Hội đồng; phân công và giao nhiệm vụ cho các thành viên Hội đồng.
Phó Chủ tịch Hội đồng giúp Chủ tịch Hội đồng trong việc chỉ đạo, tổ chức các hoạt động của Hội đồng; chịu trách nhiệm trước Chủ tịch Hội đồng về công tác được giao.
Ủy viên Hội đồng có trách nhiệm tham gia các phiên họp của Hội đồng, các tiểu ban chuyên môn; chủ động tham gia ý kiến về những vấn đề liên quan đến lĩnh vực giáo dục, đào tạo, giáo dục nghề nghiệp và phát triển nhân lực theo chương trình công tác, nội dung phiên họp Hội đồng bằng văn bản gửi đến Văn phòng Hội đồng để tổng hợp, tham mưu báo cáo Chủ tịch, Phó Chủ tịch Hội đồng; chịu trách nhiệm trước Chủ tịch Hội đồng về nhiệm vụ, quyền hạn được giao...
Bộ Giáo dục và Đào tạo là cơ quan thường trực Hội đồng có nhiệm vụ xây dựng chương trình công tác nhiệm kỳ 2022 - 2026 và đề xuất nội dung các cuộc họp toàn thể Hội đồng, báo cáo Chủ tịch Hội đồng phê duyệt; đôn đốc các bộ, ngành, địa phương, các ủy viên Hội đồng, ủy viên các tiểu ban chuyên môn chuẩn bị báo cáo những vấn đề tư vấn cho Chủ tịch Hội đồng; gửi tài liệu cần thiết cho các thành viên Hội đồng, các tiểu ban chuyên môn.