UBND TP. Hà Nội đã phê duyệt Đề án tự chủ trong thực hiện nhiệm vụ, tổ chức Bộ máy của Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng thuộc các huyện Đan Phượng, Sóc Sơn và quận Đống Đa. Theo đó, Giám đốc Ban Quản lý dự án có quyền quyết định việc thành lập, tổ chức lại, giải thể các phòng chuyên môn theo từng giai đoạn cụ thể theo quy định.
