Giai đoạn từ năm 2031 đến 2035, sẽ thực hiện đầu tư xây dựng trụ sở các bộ ngành còn lại và các công trình công cộng (giai đoạn 2).
Trong khi đó, quy mô lập quy hoạch khu trụ sở bộ, ngành trung ương tập trung tại khu Mễ Trì (quận Nam Từ Liêm) khoảng 55 ha, trong đó khoảng 43,6 ha thuộc phường Mễ Trì và khoảng 11,4 ha thuộc phường Trung Văn, quận Nam Từ Liêm.
Không gian tổng thể của quy hoạch là các cụm công trình kiến trúc có chiều cao công trình trụ sở bộ, ngành tương đối thống nhất, cao 17-25 tầng.
Trụ sở làm việc ở đây được thiết kế cao 17-25 tầng, giáp với tuyến đường đại lộ Thăng Long, đường Cương Kiên.
Giai đoạn từ năm 2023 - 2025, tại khu vực Mễ Trì sẽ chuẩn bị đầu tư xây dựng dự án trụ sở Bộ NN&PTNT và hoàn thành đưa công trình trụ sở Bảo hiểm xã hội Việt Nam vào sử dụng.
Từ năm 2026 – 2030, sẽ thực hiện đầu tư xây dựng trụ sở Bộ NN&PTNT và thực hiện các công việc chuẩn bị đầu tư xây dựng hạ tầng, các cơ quan khác có nhu cầu di dời.
Giai đoạn năm 2030 về sau, sẽ thực hiện đầu tư xây dựng hạ tầng các cơ quan có nhu cầu di dời.
Đồ án quy hoạch cũng chỉ rõ, đối với hệ thống các cơ sở nhà đất hiện có sau khi di dời yêu cầu phải có biện pháp quản lý tập trung. Đồng thời giao Bộ Tài chính chủ trì phối hợp với các bộ ngành liên quan và UBND TP Hà Nội xác định phương án khai thác cụ thể cho từng cơ sở nhà đất để phục vụ hoạt động của các cơ quan trung ương, phục vụ hoạt động của TP Hà Nội.
Trong trường hợp không có nhu cầu sử dụng làm cơ quan hành chính thì thực hiện đấu giá công khai để thu lại nguồn lực cho nhà nước. Đối với cơ sở không có nhu cầu sử dụng làm cơ quan hành chính, việc chuyển đổi phải đảm bảo nguyên tắc đã được định hướng trong quy hoạch chung xây dựng Thủ đô Hà Nội là ưu tiên tái cấu trúc đô thị, sử dụng cho mục đích công cộng, vườn hoa, bãi đỗ xe...