Theo phương án đã chọn, các ga được dự kiến sẽ là ga An Bình, Dĩ An, Bình Chuẩn, trạm khách Bình Mỹ, ga Tân Thới Nhì, trạm khách Phạm Văn Hai và ga Tân Nhựt; đồng thời, kết nối với các tuyến đường sắt đô thị như tuyến số 3, tuyến số 4.
Về đầu tư xây dựng, phần lớn tuyến đường sắt được đề xuất sẽ đi trên mặt đất (trừ một số vị trí đi trên cầu vượt sông hoặc các nút giao khác mức ....). Do đó, việc đầu tư xây dựng sẽ giảm chi phí; giảm thiểu sự bất tiện đến sinh hoạt và đi lại của người dân do việc thi công xây dựng gây ra.
Lãnh đạo Viện Chiến lược và Phát triển GTVT (Bộ GTVT) cho rằng, cần nghiên cứu kỹ lưỡng để đánh giá đầy đủ các tác động của dự án đối với xã hội, phân tích các lợi ích, ưu nhược điểm so với phương án cũ.
Theo lãnh đạo, việc chuyển tuyến đường sắt ra xa trung tâm thì cơ cấu vận chuyển cũng thay đổi, lượng hàng hóa vận chuyển sẽ nhiều hơn số lượng hành khách được phục vụ, do tuyến vành đai 2 chủ yếu vận chuyển hành khách còn tuyến vành đai 3 phần lớn vận chuyển hàng hóa.
Ngoài ra, cũng cần cân nhắc về tính kết nối của tuyến đường sắt theo quy hoạch. Nếu thay đổi, tuyến này có được kết nối với đường sắt cao tốc Nha Trang - TP HCM hoặc cao tốc Bắc - Nam hay không...
Về đường sắt TP HCM - Cần Thơ, theo Ban quản lý dự án đường sắt, hướng tuyến của tuyến đường sắt TP HCM – Cần Thơ bắt đầu từ Bình Dương (ga An Bình) đến Cần Thơ (ga Cần Thơ) đi qua 6 tỉnh, thành phố với tổng chiều dài 174,42 km. Trên tuyến bố trí 15 ga, 11 trạm bảo dưỡng, sửa chữa, khám xe, chỉnh bị.... được xây dựng theo tiêu chuẩn đường đôi - khổ 1.435 mm - điện khí hóa.
Công nghệ được lựa chọn cho tuyến đường sắt này là đoàn tàu động lực phân tán (EMU) cho tàu khách, đoàn tàu động lực tập trung cho tàu hàng, tín hiệu điều khiển tàu tự động trên nền tảng thông tin vô tuyến, tốc độ thiết kế lớn nhất là 190 km/h (tàu khách khai thác tốc độ).
Về phương án tổ chức vận tải tàu khách và tàu hàng, Ban quản lý dự án đường sắt kiến nghị tàu hàng sẽ được tổ chức từ ga Tân Kiên đến ga An Bình và Cần Thơ; tàu khách được tổ chức từ ga Tân Kiên và ga Bình Triệu đến ga Cần Thơ; trong đó, tổ chức một số đoàn tàu ngoại ô từ ga Tân Kiên đến ga Tam Hiệp. Tổng mức đầu tư dự án dự kiến là 213.948 tỷ đồng (khoảng 9,07 tỷ USD).
Về phương án đầu tư, tư vấn nghiên cứu đề xuất đầu tư dự án theo hình thức PPP (hợp tác công tư): Nhà nước thanh toán tiền giải phóng mặt bằng, nhà đầu tư PPP huy động vốn xây dựng hạ tầng, thử nghiệm và bàn giao lại cho nhà nước.