Sở Giao thông Vận tải đưa ra 2 lộ trình lưu thông thay thế. Lộ trình 1 (hướng từ phía Đông đến phía Tây Thành phố và ngược lại): Xa lộ Hà Nội - đường Mai Chí Thọ - đường Đồng Văn Cống - đường Võ Chí Công - cầu Phú Mỹ - nút giao Khu A - đường Nguyễn Văn Linh - Quốc lộ 1 và ngược lại. Lộ trình 2 (hướng từ phía Bắc đến phía Nam Thành phố): Quốc lộ 22 - Quốc lộ 1 - Xa lộ Hà Nội - đường Mai Chí Thọ - đường Đồng Văn Cống - đường Võ Chí Công - cầu Phú Mỹ - nút giao Khu A - đường Nguyễn Văn Linh - đường Nguyễn Hữu Thọ và ngược lại.
Ngoài ra, từ ngày 18/6/2023 đến ngày 31/5/2024, điều chỉnh tổ chức giao thông trên đường Phan Thúc Duyện (đoạn từ đường Trần Quốc Hoàn đến hẻm số 4 Phan Thúc Duyện, quận Tân Bình): Tổ chức lưu thông 1 chiều các loại xe theo hướng từ đường Trần Quốc Hoàn đến hẻm số 4 Phan Thúc Duyện; đồng thời cấm xe khách và xe tải lưu thông. Lộ trình thay thế: đường Phan Thúc Duyện - đường Thăng Long - đường Hậu Giang - đường Trường Sơn - đường Trần Quốc Hoàn.
Dự án xây dựng đường nối đường Trần Quốc Hoàn – Cộng Hòa khởi công cuối tháng 12/2022 với tổng mức đầu tư 4.848 tỷ đồng. Điểm đầu dự án tại vị trí giao đường Trần Quốc Hoàn – Phan Thúc Duyện và điểm cuối tại vị trí giao đường C12 – Cộng Hòa – Trường Chinh với tổng chiều dài khoảng 4 km, mặt cắt ngang 6 làn xe, vận tốc thiết kế 50 km/giờ.
Trên tuyến có hạng mục cầu vượt tại khu vực trước Nhà ga T3 với tổng chiều dài 988 m, mặt cắt ngang 17 m (4 làn xe); hai hầm chui mặt cắt ngang 9 m (2 làn xe) tại nút giao Phan Thúc Duyện –Trần Quốc Hoàn và tại nút giao Trường Chinh - Tân Kỳ Tân Quý.