Nguyễn Thị Thanh Nhàn biết rõ việc Công ty AIC không đủ năng lực tài chính để tham dự thầu nên đã chỉ đạo Đỗ Văn Sơn điều chỉnh số liệu, cung cấp các thông tin không trung thực về năng lực tài chính nhằm gian lận trong đấu thầu. Ngoài ra, Nhàn chỉ đạo thuộc cấp sử dụng các công ty trong hệ sinh thái của Công ty AIC làm "quân xanh" cho Công ty AIC trúng thầu.
Với hồ sơ dự thầu, Nhàn là người quyết định giá dự thầu, chỉ định công ty trúng thầu và quyết định tỉ lệ lợi nhuận của Công ty AIC và các công ty "quân xanh".
Công ty AIC sau đó trúng 4 gói thầu, Công ty Mopha trúng 2 gói thầu mua sắm trang thiết bị Bệnh viện Sản Nhi với tổng số tiền hơn 232 tỉ đồng.
Kết quả điều tra xác định bà Nguyễn Thị Thanh Nhàn và các đồng phạm gây thiệt hại cho nhà nước gần 50,7 tỉ đồng.
Theo Cơ quan điều tra, trước khi khởi tố vụ án, khởi tố bị can, Nguyễn Thị Thanh Nhàn đã chỉ đạo Nguyễn Hồng Sơn, Đỗ Văn Sơn, Trương Thị Xuân Loan, Nguyễn Thị Tích là những người trực tiếp thực hiện và chỉ đạo tại dự án bỏ trốn nhằm trốn tránh trách nhiệm cá nhân, đối phó gây khó khăn cho hoạt động điều tra.
Tuy nhiên, căn cứ kết quả thu thập tài liệu, phục hồi, trích xuất dữ liệu, kết luận giám định chữ ký của Nguyễn Thị Thanh Nhàn, lời khai các bị can khác, cơ quan điều tra kết luận đủ cơ sở xác định Nguyễn Thị Thanh Nhàn là đối tượng chủ mưu, cầm đầu, chịu trách nhiệm chính về các sai phạm của Công ty AIC tại Dự án mua sắm trang thiết bị Bệnh viện Sản - Nhi Quảng Ninh.
Cơ quan điều tra cho rằng hiện Nguyễn Thị Thanh Nhàn đang bỏ trốn nhằm trốn tránh trách nhiệm cá nhân và cản trở hoạt động điều tra, vì vậy cần xử lý nghiêm để đảm bảo tính răn đe và phòng ngừa chung.
Đây là vụ án thứ 3 mà Nguyễn Thị Thanh Nhàn bị điều tra. Cuối năm 2022, TAND TP Hà Nội xác định Nguyễn Thị Thanh Nhàn là chủ mưu vụ án vi phạm quy định đấu thầu, đưa nhận hối lộ xảy ra ở Bệnh viện Đa khoa Đồng Nai; sau đó toà tuyên phạt Nguyễn Thị Thanh Nhàn 30 năm tù dù đang bỏ trốn.
Đến tháng 4-2023, Nguyễn Thị Thanh Nhàn tiếp tục bị khởi tố trong vụ án mua sắm trang thiết bị cho Trung tâm Công nghệ sinh học TP HCM.