Sau đó, Vân báo cho Tú để điều động các Tàu Vân Trúc, Vân Trúc 01, Vân Trúc 03, Vân Trúc 05 và bố trí nhân viên đi nhận xăng nhập lậu. Các tàu Vân Trúc cập mạn Tàu Huỳnh Ngân, Tàu Sơn Tiền neo đậu trên Sông Vàm cỏ Đông (gần Kho Nam Phong) thuộc huyện Bến Lức, tỉnh Long An hoặc cập mạn các tàu Nhật Minh neo đậu trên Sông Hậu thuộc thị xã Bình Minh, tỉnh Vĩnh Long để bơm xăng rồi vận chuyển về Kho Vân Trúc (thuộc phường Vĩnh Phú, TP Thuận An, tỉnh Bình Dương).
Nhân viên của Công ty Vân Trúc sẽ kiểm tra nếu màu xăng nhập lậu, nếu xăng nhạt hơn màu xăng Ron 95 đang bán ở thị trường thì tiến hành pha chất bột màu vàng vào xăng cho giống với màu xăng Ron 95 để tiêu thụ ngoài thị trường, số xăng nhập lậu này sau đó được bơm vào Kho Vân Trúc cùng với nguồn xăng hợp pháp mà Công ty Vân Trúc mua của các đối tác từ Kho Nhà Bè và Kho Nam Sông Hậu rồi bán cho các khách hàng và bán lẻ các cửa hàng xăng dầu trực thuộc Công ty Vân Trúc.
Để hợp thức hóa nguồn xăng nhập lậu vận chuyển từ Long An, Vĩnh Long về Kho Vân Trúc ở Bình Dương, Vân và Tú đã sử dụng hợp đồng vận chuyển và hóa đơn do Công ty cổ phần nhiên liệu Tây Nam Bộ SFT của Lê Thanh Trung hoặc Công ty Phan Lê Hoàng Anh của Phan Thanh Hữu phát hành để xuất trình khi bị cơ quan chức năng kiểm tra.
Bị cáo xin lại 2 tỷ đồng
Theo kết quả điều tra, từ ngày 2/3/2020 đến ngày 7/2/2021, Trần Thị Thanh Vân và Lê Thanh Tú đã sử dụng các tàu Vân Trúc đến Long An và Vĩnh Long mua 48 chuyến xăng Ron 95 nhập lậu của Phan Thanh Hữu, có tổng số lượng là 35.671.506 lít, tổng trị giá hàng phạm pháp là 467.406.544.117 đồng vận chuyển về Kho Vân Trúc ở Bình Dương cùng với nguồn xăng hợp pháp mà Công ty Vân Trúc mua của các đối tác từ Kho Nhà Bè và Kho Nam Sông Hậu, sau đó bán lại cho các khách hàng và bán lẻ tại các cửa hàng xăng dầu thuộc Công ty Vân Trúc.
Cơ quan điều tra xác định tổng số tiền bị can Trần Thị Thanh Vân và Lê Thanh Tú thu lợi từ hành vi mua bán xăng nhập lậu là 28.537.204.800 đồng. Sau khi trừ các khoản chi phí bao gồm: Chi phí hao hụt, chi phí vận chuyển, chi phí bồi dưỡng nhân viên và một số khoản chi phí khác hết 10.537.315.333 đồng, Trần Thị Thanh Vân và Lê Thanh Tú thu lợi bất chính tổng số tiền là 17.999.889.467 đồng.
Sau khi Phan Thanh Hữu và các đồng phạm bị Cơ quan điều tra bắt giữ, Trần Thị Thanh Vân chỉ đạo Nguyễn Thị Ngọc Diễm (thủ quỹ của Công ty Vân Trúc) tiêu hủy toàn bộ các phiếu chi, sổ sách, chứng từ liên quan đến việc mua, bán xăng nhập lậu với Phan Thanh Hữu .
Trả lời HĐXX về hành vi hủy tài liệu, bị cáo Vân cho biết: “Khi biết tin Hữu bị bắt, bị cáo hoảng loạn nên chỉ đạo hủy các tài liệu liên quan nhằm che dấu hành vi phạm tội”.
Quá trình điều tra, các bị can Vân và Tú đã tự nguyện giao nộp số tiền thu lợi bất chính 20 tỷ đồng để khắc phục hậu quả. Tại tòa, bị cáo Vân xin được nhận lại số tiền hơn 2 tỷ đồng trong số 20 tỷ đồng đã nộp khắc phục trước đó. Bị cáo Vân cũng thừa nhận phần lớn giao dịch mua xăng, Vân trả bằng tiền mặt cho Hữu để che dấu nguồn tiền. Bị cáo Vân cũng chứng minh trong số các tàu chở xăng bị cơ quan chức năng thu giữ có một chiếc chưa đăng ký hoạt động, do đó bị cáo xin được trả lại chiếc tàu này.