Đồng thời, Quân lợi dụng vị trí giám đốc, người đứng đầu Bệnh viện TP Thủ Đức để chỉ đạo, gây sức ép với các nhân viên dưới quyền, thành viên các tổ chấm thầu ký hợp thức hồ sơ thầu; đã “thông thầu”, “gian lận trong đấu thầu”, “không đảm bảo minh bạch trong hoạt động đấu thầu”.
Bộ Công an xác định Quân đã để Công ty Nguyễn Tâm và 3 công ty khác do Lợi quản lý mặc định là đơn vị trúng thầu 27 gói thầu với tổng giá trị với tổng giá trị 345 tỉ đồng. Sau khi trừ đi giá mua và các chi phí hợp lý, hợp lệ thì số tiền chiếm đoạt của Quân được xác định là 103,6 tỉ đồng.
Kết quả định giá tài sản trong tố tụng hình sự chứng minh việc Quân đã nâng khống giá thiết bị y tế từ 30% đến 50%. Sau khi Bệnh viện TP Thủ Đức thanh toán tiền cho các công ty trúng thầu, Quân chỉ đạo Lợi rút tiền mặt, chuyển vào tài khoản của Quân và Nguyễn Trần Ngọc Diễm (vợ Quân) hoặc chuyển khoản trực tiếp vào tài khoản của các công ty mà vợ chồng Quân mua nhà đất.
Theo Bộ Công an, Bệnh viện TP Thủ Đức là đơn vị có nguồn thu sự nghiệp tự bảo đảm được toàn bộ kinh phí hoạt động thường xuyên và kinh phí đầu tư phát triển.
Việc Bệnh viện TP Thủ Đức sử dụng nguồn vốn vay ngân hàng để mua sắm trang thiết bị y tế và sử dụng kinh phí từ các nguồn thu, các hoạt động dịch vụ để trả nợ vốn vay; đủ căn cứ xác định các tài sản do bệnh viện đấu thầu mua sắm là tài sản nhà nước giao cho bệnh viện quản lý sử dụng.
Vì vậy, việc Nguyễn Minh Quân sử dụng 4 công ty do Quân chỉ đạo thành lập, nâng khống giá thiết bị y tế sau đó thông qua hoạt động đấu thầu bán vào Bệnh viện TP Thủ Đức là thủ đoạn để hợp thức việc Quân chiếm đoạt tiền của Bệnh viện TP Thủ Đức, chiếm đoạt tài sản Nhà nước.
Vì vậy, hành vi của Nguyễn Minh Quân đã phạm vào tội “Tham ô tài sản” với vai trò chủ mưu cầm đầu với số tiền chiếm đoạt là 103,6 tỉ đồng thông qua việc đấu thầu 27 gói thầu mua sắm trang thiết bị y tế tại Bệnh viện TP Thủ Đức.
Trong số 103,6 tỉ đồng tham ô, Quân chỉ đạo Lợi đưa tiền mặt cho Quân 5 tỉ đồng, chuyển khoản cho Quân 21,5 tỉ đồng, chuyển cho Diễm 16,1 tỉ đồng, còn lại hơn 60,4 tỉ đồng dùng để mua bất động sản, ô tô cho Diễm và Quân.
Về số tiền tham ô được, vợ chồng ông Quân mua biệt thự du lịch nghỉ dưỡng thuộc Dự án Vinpeal Golf land Resort & Villas (TP Nha Trang, Khánh Hòa) với giá 18,5 tỉ đồng; mua biệt thự thuộc Dự án Khu trung tâm phức hợp Sài Gòn - Ba Son (quận 1, TP HCM) với giá 99,6 tỉ đồng; Thửa đất ở phường Linh Xuân, TP Thủ Đức với giá 11,8 tỉ đồng...