Trong bản luận tội, đại diện Viện Kiểm sát Nhân dân (VKSND) TP Hà Nội, cáo buộc Phạm Trung Kiên, cựu thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế, là người nhận hối lộ nhiều nhất trong vụ án, với 253 lần, tổng số hơn 42 tỉ đồng bằng "thủ đoạn trắng trợn". Do đó, VKSND đề nghị mức án tử hình đối với bị cáo Kiên.
Đại diện VKSND đánh giá hành vi phạm tội của Phạm Trung Kiên trong thời điểm dịch COVID-19 đã làm mất đi ý nghĩa tốt đẹp, chủ trương đúng đắn của Đảng, nhà nước trên các chuyến bay giải cứu, chuyến bay combo, làm mất niềm tin trong nhân dân, ảnh hưởng nghiêm trọng uy tín cơ quan nhà nước.
Trong suốt quá trình điều tra, Kiên không thừa nhận hành vi phạm tội của mình, gây khó khăn cho hoạt động điều tra, giải quyết vụ án. Kiên một mực cho rằng số tiền nhận của doanh nghiệp là vay mượn cá nhân.
Được nói lời sau cùng tại toà, bị cáo Phạm Trung Kiên khẳng định bản thân đã rất ăn năn hối cải về hành vi phạm tội. "Bị đề nghị tử hình là bản án rất nghiệt ngã với bản thân bị cáo cũng như gia đình. Bị cáo không nghĩ là mình vi phạm đến mức phải loại trừ khỏi cuộc sống, rời khỏi thế giới này ở độ tuổi ngoài 40 tuổi" - bị cáo Kiên khóc.