Tại TPHCM, một số trường có cơ chế tuyển sinh riêng, khác với phương thức chung của thành phố.
Tuyển sinh lớp 6 vào Trường THCS và THPT Trần Đại Nghĩa
Công tác tuyển sinh lớp 6 của Trường THCS và THPT Trần Đại Nghĩa do Sở GD&ĐT TPHCM trực tiếp tổ chức. Năm nay, trường dự kiến tuyển 350 chỉ tiêu thông qua bài khảo sát đánh giá năng lực.

Thí sinh thực hiện bài khảo sát trong 90 phút, gồm hai phần trắc nghiệm và tự luận. Nội dung khảo sát nhằm đánh giá năng lực sử dụng tiếng Anh, tiếng Việt; toán học và tư duy logic; khoa học tự nhiên; khoa học xã hội (lịch sử - địa lý) và hiểu biết đời sống.
Phần trắc nghiệm gồm 20 câu bằng tiếng Anh, đánh giá kiến thức khoa học tự nhiên, khoa học xã hội và khả năng vận dụng, giải quyết vấn đề thực tiễn, thực hiện trong 30 phút.
Phần tự luận kéo dài 60 phút, gồm các nội dung: Khảo sát năng lực tiếng Anh (nghe hiểu, đọc hiểu, viết - làm bài bằng tiếng Anh); khảo sát năng lực toán học và tư duy logic; khảo sát năng lực đọc hiểu và làm văn (làm bằng tiếng Việt).
Các trường phổ thông năng khiếu thể dục thể thao
Đối với lớp 6 tại Trường Phổ thông Năng khiếu Thể dục Thể thao Nguyễn Thị Định và Trường Phổ thông Năng khiếu Thể dục Thể thao Bình Chánh, thông tin về hồ sơ, cách thức đăng ký và thời gian xét tuyển được thực hiện theo kế hoạch cụ thể của từng đơn vị và báo cáo Sở GD&ĐT TPHCM.
Các trường tổ chức tuyển sinh theo từng bộ môn thể thao như bóng đá, bóng chuyền, điền kinh, cầu lông, bơi lội, đá cầu, taekwondo, vovinam.
Đối tượng xét tuyển là học sinh đã hoàn thành chương trình tiểu học, ưu tiên các em đạt giải thể dục thể thao cấp xã, cấp thành phố hoặc Hội khỏe Phù Đổng. Trường cũng tiếp nhận học sinh từ các tỉnh, thành khác nếu đáp ứng đủ điều kiện.

Đối với tuyển sinh lớp 10 (bao gồm cả Trường THPT Năng khiếu Thể dục Thể thao), các bộ môn tuyển sinh gồm điền kinh, bơi lội, futsal, bóng đá, bóng chuyền, cầu lông, đá cầu, cầu mây, vovinam, taekwondo, bi sắt.
Trường tiếp nhận học sinh đã hoàn thành chương trình THCS, kể cả từ các địa phương khác nếu đủ điều kiện.
Học sinh được ưu tiên xét tuyển nếu đã học tại các trường năng khiếu thể dục thể thao nói trên và đáp ứng các điều kiện như: Hoàn thành chương trình THCS; đạt giải thể dục thể thao cấp huyện, cấp thành phố hoặc Hội khỏe Phù Đổng; xếp loại rèn luyện lớp 9 từ Khá trở lên; học lực lớp 9 từ Đạt trở lên; vượt qua kiểm tra năng khiếu, thể lực và được Sở GD&ĐT TPHCM phê duyệt.
Trường hợp không trúng tuyển vào lớp 10 năng khiếu thể dục thể thao, học sinh vẫn được tham gia xét tuyển vào các trường THPT khác theo 3 nguyện vọng đã đăng ký.
Trường TH - THCS - THPT Nam Sài Gòn
Theo Sở GD&ĐT TPHCM, công tác tuyển sinh lớp 1 và lớp 6 tại Trường TH - THCS - THPT Nam Sài Gòn được thực hiện theo kế hoạch riêng của nhà trường.
Tuy nhiên, tất cả học sinh vẫn phải đăng ký trên cổng tuyển sinh của thành phố và tuân thủ khung thời gian theo quy định nhằm đảm bảo đồng bộ với công tác tuyển sinh chung.
Đối với tuyển sinh lớp 10, căn cứ đề xuất của nhà trường, Sở GD&ĐT TPHCM xây dựng và ban hành phương án phân bổ chỉ tiêu riêng.
Cụ thể, 70% chỉ tiêu dành cho học sinh đang học tại trường để học liên cấp, 30% còn lại tuyển từ học sinh các trường THCS khác trên địa bàn.
Chính sách này nhằm cân đối giữa nhu cầu học liên cấp của học sinh và yêu cầu duy trì, nâng cao chất lượng đầu vào, chất lượng đào tạo của nhà trường.