Phương thức tuyển sinh lớp 6 được áp dụng là kết hợp giữa xét tuyển với kiểm tra, đánh giá năng lực. Học sinh phải trải qua 2 vòng: Vòng 1 (sơ tuyển) và vòng 2 (kiểm tra, đánh giá năng lực).
Trường tổ chức sơ tuyển thông qua điểm số. Điểm sơ tuyển là điểm học cấp tiểu học (tổng điểm kiểm tra định kỳ cuối năm môn Toán, Tiếng Việt ở cả 5 năm tiểu học, điểm kiểm tra định kỳ cuối năm lớp 4 và lớp 5 môn Khoa học; Lịch sử và Địa lý, điểm kiểm tra định kỳ cuối năm lớp 3, lớp 4, lớp 5 môn Tiếng Anh, cộng điểm ưu tiên (theo quy định).
Những học sinh có điểm sơ tuyển từ 167 điểm trở lên sẽ được tham gia kiểm tra ở vòng 2. Vòng 2 tổ chức kiểm tra, đánh giá năng lực đối với những học sinh đã qua sơ tuyển vòng 1. Học sinh sẽ phải thực hiện đủ 3 bài kiểm tra môn Toán, Tiếng Việt, Tiếng Anh. Thời gian làm bài là 45 phút/bài kiểm tra theo hình thức kết hợp giữa trắc nghiệm và tự luận.
Trường xét tuyển theo điểm từ cao xuống thấp.
Năm ngoái, điểm chuẩn trúng tuyển bổ sung vào lớp 6 trường THPT chuyên Hà Nội - Amsterdam năm học 2022-2023 là 17,35 điểm (sau đó hạ điểm chuẩn xuống còn 17 điểm).