Trịnh Tùng bèn sai Hoàng Đình Ái dẫn một đạo quân đi trước, để cứu Bùi Văn Khuê và khởi đại binh theo sau. Một đại tướng khác là Trần Bách Niên thất vọng vì Mạc Mậu Hợp cũng sang hàng Nam triều. Liên tiếp hơn 10 tướng Mạc sang hàng Lê. Tình hình nhà Mạc ngày càng nguy cấp, khi đó trong triều chỉ còn trông cậy vào một mình Mạc Ngọc Liễn.
Cạo đầu làm sư vẫn không thoát
Một số nguồn sử liệu cho biết, cuối năm Nhâm Thìn (1592), quân Mạc bị quân Lê - Trịnh đuổi đánh, Mạc Mậu Hợp phải chạy khỏi kinh thành. Trịnh Tùng chia quân đánh các ngả, phá tan quân của một hoàng thân nhà Mạc là Mạc Kính Chỉ, thu được vô số khí giới và sai quân đi truy lùng bắt Mạc Mậu Hợp.
Nghe có người báo Mạc Mậu Hợp cạo đầu làm sư, ẩn ở chùa Mô Khuê, hạt Phượng Nhãn. Trịnh Tùng bèn sai Nguyễn Đình Luận và Lưu Chản dẫn quân đi tìm bắt. Quân Nam bèn tìm đến chùa.
Lúc đó, Mạc Mậu Hợp đang nghiễm nhiên ngồi xếp bằng tròn, gạn hỏi thì Mậu Hợp đáp rằng: Bần tăng tu hành từ hồi còn trẻ tuổi ở am mây này; chén muối, đĩa rau hàng ngày trai dưỡng; thắp hương thờ Phật, công đức chuyên làm.
Quân Nam triều thấy nhà sư nói hoạt bát khiêm tốn, biết là Mậu Hợp, bèn bắt giữ. Ông tự liệu không thể thoát được, bèn thú thực và nói rằng: Mấy ngày trước đây, tôi chạy trốn ẩn núp trong rừng rậm, đã quá đói khát, dám xin cho một bình rượu uống cho đã.
Quân sĩ bèn cho bình rượu. Sau khi Mậu Hợp uống thỏa thích, ngậm ngùi than rằng: Nghiệp chướng quá sâu! Nay cầu làm một người dân thường, cũng không thể được.
Tội lỗi chỉ vì tổ tiên đã làm sự giết vua cướp ngôi, đến nỗi con cháu ngày nay phải mắc tội nặng như vầy. Mong tướng sĩ dẫn tôi đến trước Hoàng đế, để bày tỏ thực tình. Đó là lòng tôi rất mong muốn!
Quân Nam triều bèn sai dùng voi chở Mậu Hợp và 2 kỹ nữ, giải về Thăng Long. Khi ông tới trước hành doanh, Trịnh Tùng sai dàn binh mã cực kỳ uy nghiêm, rồi mới cho dẫn Mậu Hợp vào yết kiến.
Mậu Hợp lễ dập đầu phủ phục ở ngoài sân. Trịnh Tùng truyền hỏi tới 3 lần, Mậu Hợp vì quá sợ, cứ ấm ớ không thể đáp được, Trịnh Tùng bèn sai dẫn ra ngoài cửa quân, giam tù tại đây.
Trịnh Tùng thấy Mạc Mậu Hợp về hàng, không nỡ gia cực hình, bèn sai đem treo sống Mậu Hợp 3 ngày, rồi chém đầu tại bãi cát Bồ Đề, đem thủ cấp dâng lên vua Lê Thế Tông tại hành tại Vạn Lại ở Thanh Hoa, đem đóng đinh vào hai con mắt, rồi bêu ra ngoài chợ.
Nghi vấn lịch sử
Tuy nhiên, theo một số nguồn gia phả thì Mạc Mậu Hợp thực tế không phải bị bắt ở chùa Bồ Đề, sau đưa về Thanh Hóa hành hình đóng đinh vào mắt... như sử nhà Lê đã ghi.
Thực chất đó là người giả, xác giả được dựng rồi phao tin lên. Nguồn này cho rằng, sử gia thời Lê - Trịnh viết vậy là để đánh sập ý chí phục hưng triều Mạc của các văn thần võ tướng.
Là một vị vua còn nhiều tồn nghi do các cáo buộc từ bên thắng cuộc, nhưng cũng cần xem xét các khía cạnh rất tích cực từ Mạc Mậu Hợp. Trên thực tế, ông cầm quyền khoảng trên 25 năm – đúng vào khoảng thời gian Nam triều trỗi dậy, lực lượng nhân danh và ủng hộ nhà Lê mạnh dần.
Nam triều dù đã mất uy tín nhưng vùng “căn bản” quê hương nhà Lê (Thanh Hóa) trở vào còn nhớ công lao đánh quân Minh của nhà Lê. Theo GS Văn Tạo, về chính trị và kinh tế, tuy nhà Mạc đã khiến đất nước giàu mạnh lên trong thời kỳ đầu, nhưng địa bàn hoạt động bị bó hẹp, kẹp giữa một bên là nước lớn Trung Quốc, một bên là Nam triều cùng tư tưởng “hoài Lê”, không có điều kiện mở rộng như các chúa Nguyễn ở phía Nam sau này.
Mạc Mậu Hợp cũng không phải chỉ biết ăn chơi, ông rất quan tâm chính sự. Khi Trạng nguyên Giáp Hải dâng sớ, Mạc Mậu Hợp xem xong liền ban lời an ủi phủ dụ và triệu ông tới Kinh sư để làm việc, đồng thời cũng biết đối đãi hiền tài.
Trạng nguyên Giáp Hải từng bày tỏ: “Ư kính ư trung, duy cầu quản đạo, sở chỉ chi địa/ Nhi tác nhi tức, nguyên an đề lực hà hữu chi thiên” (Nào kính nào trung, giữ đạo bề tôi, một lòng son sắt/ Dù làm dù nghỉ, mong yên ngôi chúa, chẳng chút riêng tư).
Trong thời gian làm vua, nối theo nền nếp của cha ông, Mạc Mậu Hợp mở tất cả 7 khoa thi chọn hiền tài. Ngay cả khi xảy ra chiến tranh ở kinh thành, mùa hè năm 1592 ông vẫn mở khoa thi Cử nhân ở bến Bồ Đề.