Thay vì mở tài khoản tiền gửi tại Kho bạc Nhà nước để tiếp nhận vốn tạm ứng do chủ đầu tư chuyển đến để thực hiện chi trả, Trung tâm lại đem gửi ngân hàng để thu tiền lãi gần 10,35 tỉ đồng.
Trong trường hợp này, toàn bộ tiền lãi phát sinh phải được nộp vào ngân sách nhà nước, tuy nhiên, Trung tâm lại thực hiện hạch toán vào doanh thu hoạt động tài chính, sử dụng để chi thường xuyên và trích lập các quỹ.
Ngoài ra, Trung tâm còn chi vượt mức hệ số thu nhập tăng thêm cho ông Nguyễn Tiến Lưu, giám đốc Trung tâm; không trả đủ tiền lương làm thêm ngoài giờ cho người lao động; tạm ứng mua sắm không có hóa đơn, chứng từ; sử dụng tiền tạm ứng sai mục đích; để tình trạng tạm ứng kéo dài nhiều năm, có dấu hiệu chiếm dụng ngân quỹ….
Riêng ông Nguyễn Tiến Lưu tạm ứng đến 1,8 tỉ đồng đi công tác không có hóa đơn, chứng từ theo quy định và sau 2 năm mới hoàn trả tạm ứng, trong đó có 400 triệu đồng hoàn trả sau khi đoàn kiểm tra của UBKT Tỉnh ủy tiến hành kiểm tra.
Tại hội nghị lần thứ 15, UBKT Tỉnh ủy Khánh Hòa kết luận Giám đốc Trung tâm, ông Nguyễn Tiến Lưu, chịu trách nhiệm chính đối với việc Trung tâm vi phạm nghiêm trọng pháp luật về quản lý, sử dụng tài chính và tài sản công. Bản thân ông Lưu cũng vi phạm các quy định pháp luật về quản lý tài sản công; quản lý, sử dụng tài chính…
Những khuyết điểm, vi phạm của ông Nguyễn Tiến Lưu là nghiêm trọng, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức Đảng, làm giảm hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước, gây bức xúc cho người lao động trong đơn vị. Xét nội dung, tính chất, mức độ và hậu quả vi phạm; căn cứ quy định của Đảng, UBKT Tỉnh ủy quyết định thi hành kỷ luật cách hết tất cả chức vụ trong Đảng đối với ông Lưu.
Hiện Sở Tài nguyên và Môi trường đã cách chức giám đốc Trung tâm đối với ông Lưu. Ông Lưu cũng đã có đơn xin thôi việc.